| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,582,479 | T→C | 15.1% | M106V (ATG→GTG) | clpP1 ← | ATP‑dependent Clp protease proteolytic subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,582,479 | 0 | T | C | 15.1% | 289.3 / 37.1 | 112 | M106V (ATG→GTG) | clpP1 | ATP‑dependent Clp protease proteolytic subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/49); new base C (10/7); total (56/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CAAGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGCATAAAAATAGTGTCACCACTCATAGCGATAACACTAGCAATTGATGCCGCTAAGGCATCGACATAGATATTAATTTTTGCAGGATGCATTT > USA300TCH1516_ALE/1582389‑1582568 | cAAGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGCAt > 1:1058257/1‑91 (MQ=255) aaGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGCATa > 1:322434/1‑91 (MQ=255) aaGTAAATCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGCATa > 1:323009/1‑91 (MQ=255) aaaTCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGCATaaaaa > 1:2604601/1‑91 (MQ=255) aaaTCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGCATaaaaa > 1:612988/1‑91 (MQ=255) aaaTCCGCTGTCTTTCTTAATTCTTCTGCATTACCTACAGTCATAACCCATGAATTATGAATCATTAAAAAACTATTTTTGTGCATaaaaa < 1:3264298/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |