| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,615,301 | T→A | 7.3% | intergenic (‑31/+18) | xerD_3 ← / ← fur | Tyrosine recombinase XerD/Ferric uptake regulation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,615,301 | 0 | T | A | 7.3% | 329.6 / 14.2 | 96 | intergenic (‑31/+18) | xerD_3/fur | Tyrosine recombinase XerD/Ferric uptake regulation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/41); new base A (2/5); total (50/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AGAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTT > USA300TCH1516_ALE/1615211‑1615387 | aGAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAAt > 1:1985111/1‑91 (MQ=255) gAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAAtt < 1:3550781/91‑1 (MQ=255) gAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAAtt < 1:193955/91‑1 (MQ=255) gAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAAtt > 1:910105/1‑91 (MQ=255) gAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAAtt < 1:3550379/91‑1 (MQ=255) gAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAAtt < 1:3550452/91‑1 (MQ=255) ttAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAAc < 1:788972/91‑1 (MQ=255) tAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAAcc > 1:1310978/1‑91 (MQ=255) tAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAAcc < 1:736401/91‑1 (MQ=255) aGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCt < 1:2774260/91‑1 (MQ=255) aGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCt > 1:177541/1‑91 (MQ=255) aGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCt > 1:1543710/1‑91 (MQ=255) aGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCt > 1:3781130/1‑91 (MQ=255) gTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCtt < 1:1167481/91‑2 (MQ=255) gTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTa < 1:3889728/91‑1 (MQ=255) ccTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACg < 1:2090746/91‑1 (MQ=255) ccTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAACAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACg > 1:3508459/1‑91 (MQ=255) tttttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCTTCGct < 1:1777847/91‑2 (MQ=39) tttttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCTTCGct < 1:1777832/91‑2 (MQ=39) tttttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCa > 1:71674/1‑91 (MQ=255) tttttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCa > 1:72025/1‑91 (MQ=255) ttttCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAAATTAACCTTCGctt < 1:1465950/91‑3 (MQ=38) aaTTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGTAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTAc < 1:1235519/91‑1 (MQ=255) aaTTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTAc < 1:2376752/91‑1 (MQ=255) aaTTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTAc > 1:2429844/1‑91 (MQ=255) aTTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACt < 1:1464045/91‑1 (MQ=255) tttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTa > 1:2424740/1‑91 (MQ=255) tttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTa > 1:1013358/1‑91 (MQ=255) tttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTa > 1:1846889/1‑91 (MQ=255) tttGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTa > 1:1185729/1‑91 (MQ=255) tGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATc < 1:1330107/91‑1 (MQ=255) tataaaaaCCCAATTATTCTT‑AAAAATTGTTTTCCTTACCCAACCCCTTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcc < 1:1723595/87‑1 (MQ=255) gTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcc < 1:4008443/91‑1 (MQ=255) ataAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctt > 1:3907117/1‑91 (MQ=255) ataAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctt < 1:2505247/91‑1 (MQ=255) aaaaCGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATccttta < 1:3408047/91‑1 (MQ=255) aaCGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacc < 1:1960888/91‑1 (MQ=255) aaCGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacc < 1:1638816/91‑1 (MQ=255) aaCGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacc > 1:869756/1‑91 (MQ=255) aaCGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacc < 1:1961051/91‑1 (MQ=255) aaCGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacc > 1:1726697/1‑91 (MQ=255) aCGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacct > 1:3723214/1‑91 (MQ=255) aCGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacct < 1:773944/91‑1 (MQ=255) cGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacctt < 1:1374328/91‑1 (MQ=255) cGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacctt < 1:1606616/91‑1 (MQ=255) cGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttacctt < 1:227730/91‑1 (MQ=255) gCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttaccttt > 1:3197030/1‑91 (MQ=255) cAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATcctttaccttta > 1:397944/1‑91 (MQ=255) atatTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCt > 1:1700311/1‑91 (MQ=255) atatTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCt > 1:3034627/1‑91 (MQ=255) atTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTg > 1:413519/1‑91 (MQ=255) cttcAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCa < 1:1988291/91‑1 (MQ=255) cttcAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCa < 1:1987529/91‑1 (MQ=255) tcAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACg > 1:1838015/1‑91 (MQ=255) tcAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACg > 1:3135865/1‑91 (MQ=255) cAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGt < 1:1885830/91‑1 (MQ=255) cAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGt > 1:1157983/1‑91 (MQ=255) atTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcac < 1:2331180/91‑1 (MQ=255) g‑TTTGCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacaca < 1:3456795/91‑1 (MQ=255) g‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacaca > 1:2912973/1‑91 (MQ=255) g‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacaca < 1:2292224/91‑1 (MQ=255) tttCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacacac < 1:3486465/91‑1 (MQ=255) ttCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacacaca > 1:2168627/1‑91 (MQ=255) ttCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTcacacaca > 1:147883/1‑91 (MQ=255) cATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCa > 1:80657/1‑91 (MQ=255) cATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCa > 1:2227183/1‑91 (MQ=255) tAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATg > 1:1600496/1‑91 (MQ=255) aaCCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATgg < 1:3197758/91‑1 (MQ=255) aaCCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATgg > 1:415459/1‑91 (MQ=255) aaCCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATgg > 1:555272/1‑91 (MQ=255) aCCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGa > 1:478933/1‑91 (MQ=255) ccACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATggca > 1:1066706/1‑89 (MQ=255) ccACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGaa > 1:1546904/1‑91 (MQ=255) ccACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGaa > 1:886726/1‑91 (MQ=255) acacCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAg > 1:3418493/1‑91 (MQ=255) cacCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTAGCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGt < 1:3484690/91‑1 (MQ=255) cacCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTAACTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGt < 1:3484574/91‑1 (MQ=255) ccTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAATGTTa > 1:3448261/1‑91 (MQ=255) ccTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTa > 1:2756350/1‑91 (MQ=255) ccTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTa < 1:167267/91‑1 (MQ=255) ccTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTa < 1:3748170/91‑1 (MQ=255) ctctAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTaa > 1:323104/1‑91 (MQ=255) ctctAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTaa > 1:2390899/1‑91 (MQ=255) ctctAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAAGTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTaa > 1:4132027/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACg > 1:1689504/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACg < 1:3682024/91‑1 (MQ=255) aaaaGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACgatga < 1:3903071/91‑1 (MQ=255) aaGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATc > 1:2153684/1‑91 (MQ=255) aaGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATc < 1:2882619/91‑1 (MQ=255) aGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCt < 1:3631359/91‑1 (MQ=255) aGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCt > 1:273031/1‑91 (MQ=255) aGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCt < 1:3478037/91‑1 (MQ=255) gCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTa > 1:3026451/1‑91 (MQ=255) gCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTa < 1:356358/91‑1 (MQ=255) aaGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTaaaa > 1:2040814/1‑91 (MQ=255) aaGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTaaaa < 1:959487/91‑1 (MQ=255) aGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAt < 1:3906781/91‑1 (MQ=255) ggTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtt < 1:3480957/91‑1 (MQ=255) gTTAAATTAACCTTCGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAttt > 1:384054/1‑91 (MQ=255) ttAAATTAACCTTCGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAAtttt > 1:272503/1‑91 (MQ=255) | AGAACTTAGTCCTTTTTCAATTTGTATAAAACGCAAATATTCTTCAATAATTG‑TTTCCATAACCACACCTCTAAAAAAAGCGAAGGTTAATTTAACCTACGCAATTTACTATCCTTTACCTTTAGCTTGGCACGTTTCACACACACCATGGAAAGTTAAACGATGATCTAAAATTTT > USA300TCH1516_ALE/1615211‑1615387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |