| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,653,332 | A→G | 10.7% | intergenic (‑37/+122) | gcvT ← / ← aroK | Aminomethyltransferase/Shikimate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,653,332 | 0 | A | G | 10.7% | 408.5 / 30.0 | 139 | intergenic (‑37/+122) | gcvT/aroK | Aminomethyltransferase/Shikimate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/63); new base G (6/9); total (67/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
ACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAC > USA300TCH1516_ALE/1653242‑1653420 | aCCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCa > 1:2224233/1‑91 (MQ=255) tATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGc < 1:1047517/91‑1 (MQ=255) tCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTa < 1:4090326/91‑1 (MQ=255) tCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTa < 1:527832/91‑1 (MQ=255) cAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTat < 1:488188/91‑2 (MQ=255) cAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc > 1:2114670/1‑91 (MQ=255) cAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc < 1:2441985/91‑1 (MQ=255) cAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc < 1:873771/91‑1 (MQ=255) aaCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAcc > 1:2920391/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCt > 1:468537/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCt > 1:3816958/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCt > 1:2788250/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCt > 1:587182/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCt > 1:3664048/1‑91 (MQ=255) aTAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTg < 1:1963208/91‑1 (MQ=38) aTAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTg < 1:354466/91‑1 (MQ=255) tAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑t < 1:683635/91‑1 (MQ=255) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑tt < 1:2606434/91‑1 (MQ=255) aTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑ttt < 1:3464345/91‑1 (MQ=255) aTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑ttt > 1:2033368/1‑91 (MQ=255) ttttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTG‑‑tttt < 1:20136/91‑2 (MQ=37) ttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTtata > 1:2839161/1‑91 (MQ=255) ttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTtata < 1:1601802/91‑1 (MQ=255) tGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATaa > 1:1909843/1‑91 (MQ=255) tGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATaa > 1:1910062/1‑91 (MQ=255) gATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATaaa > 1:1751045/1‑91 (MQ=255) atatAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAAt < 1:654819/91‑1 (MQ=255) tataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATc < 1:1356832/91‑1 (MQ=255) tataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATc < 1:1361287/91‑1 (MQ=255) tataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATc > 1:1729745/1‑91 (MQ=255) tataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATc < 1:1626350/91‑1 (MQ=255) taAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCAc < 1:1796020/91‑1 (MQ=255) aaaGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCAcc < 1:2454614/91‑1 (MQ=255) aaGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCa > 1:1829450/1‑91 (MQ=255) aaGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCa < 1:1126763/91‑1 (MQ=255) aGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCaa > 1:1795270/1‑91 (MQ=255) aGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCaa > 1:1795288/1‑91 (MQ=255) aGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCaa > 1:856953/1‑91 (MQ=255) ggTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAAt > 1:2167273/1‑91 (MQ=255) ggTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAAt > 1:1643849/1‑91 (MQ=255) gtgtTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAGCAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAAtt < 1:2697092/91‑1 (MQ=255) gtgtTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAAtt > 1:2940992/1‑91 (MQ=255) gttagtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATACATCACCAATTCa < 1:3212109/91‑1 (MQ=255) ttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAgg < 1:3392384/91‑1 (MQ=255) ttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAgg < 1:2762688/91‑1 (MQ=255) tgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGa > 1:2014224/1‑91 (MQ=255) tgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGa > 1:3175456/1‑91 (MQ=255) tgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGa > 1:4117803/1‑91 (MQ=255) gtttTAAATCACCTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCCATTCAGGaa < 1:3626759/91‑1 (MQ=255) tttAAATTACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAAcg < 1:2080417/91‑1 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc < 1:92558/91‑1 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc < 1:3760911/91‑1 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc < 1:3584652/91‑1 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc < 1:1152935/91‑1 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc > 1:589089/1‑91 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc > 1:4047301/1‑91 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc > 1:589107/1‑91 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc > 1:493278/1‑91 (MQ=255) aCTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAg < 1:2614523/91‑1 (MQ=255) cTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGt > 1:1496139/1‑91 (MQ=255) ttGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAACCAGAATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTGTAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGta > 1:3312384/1‑91 (MQ=255) ttGACATTGAAATACCCCCTCAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TCTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtt > 1:2016705/1‑90 (MQ=255) tGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtat < 1:2087914/91‑1 (MQ=255) aCATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtatta < 1:1468551/91‑1 (MQ=255) aCATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtatta < 1:3826168/91‑1 (MQ=255) tGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAATCAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCt < 1:3480349/91‑1 (MQ=255) tGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCt < 1:3570457/91‑1 (MQ=255) gAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtt > 1:2120156/1‑91 (MQ=255) gAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtt > 1:2912073/1‑91 (MQ=255) gAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtt > 1:2911654/1‑91 (MQ=255) aTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTg > 1:4037653/1‑91 (MQ=255) tACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGc > 1:2793413/1‑91 (MQ=255) tACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGc > 1:775744/1‑91 (MQ=255) cccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCt > 1:828427/1‑91 (MQ=255) cccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCt > 1:824056/1‑91 (MQ=255) cccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCt < 1:995491/91‑1 (MQ=255) cccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCt < 1:3051092/91‑1 (MQ=255) ccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTg > 1:4010462/1‑91 (MQ=255) cccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTga > 1:3073565/1‑91 (MQ=255) cccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTga < 1:618832/91‑1 (MQ=255) cTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTgaga > 1:1965086/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGagag > 1:1366651/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGagag > 1:1852574/1‑91 (MQ=255) tAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGt < 1:985691/91‑1 (MQ=255) tataaaCAGGGTAGCGATTGCTATCCTGTTTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGta > 1:2477099/4‑91 (MQ=18) taAAAACAGGATAGCGATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaat > 1:3529543/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaata < 1:2744654/91‑1 (MQ=255) aaaaCAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaataa < 1:2986074/91‑1 (MQ=255) aaCAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAAt < 1:3377819/91‑1 (MQ=255) cAGGGTAGCGATTGCTATCCTG‑‑TTTTTAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTa > 1:612036/1‑91 (MQ=37) cAGGGTAGCGATTGCTATCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTa > 1:2339578/1‑91 (MQ=38) cAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTa < 1:1074867/91‑1 (MQ=255) ggATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACt < 1:3643245/91‑1 (MQ=255) gATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGTAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACtt < 1:187604/91‑1 (MQ=255) gATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACtt > 1:1178665/1‑91 (MQ=255) gtAGCGATTGCTATCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTCTCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTg > 1:2424033/2‑91 (MQ=255) aTAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTg > 1:469029/1‑91 (MQ=255) tAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGc < 1:3982843/91‑1 (MQ=255) aGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCa > 1:4120030/1‑91 (MQ=255) gCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAc < 1:3433470/91‑1 (MQ=255) | ACCTCTATCAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTG‑‑TTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAC > USA300TCH1516_ALE/1653242‑1653420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |