Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 92,987 | A→G | 15.7% | intergenic (‑72/‑65) | ricR_1 ← / → glpE | Copper‑sensing transcriptional repressor RicR/Thiosulfate sulfurtransferase GlpE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 92,987 | 0 | A | G | 15.7% | 254.1 / 39.7 | 107 | intergenic (‑72/‑65) | ricR_1/glpE | Copper‑sensing transcriptional repressor RicR/Thiosulfate sulfurtransferase GlpE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/52); new base G (15/2); total (53/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.54e-01 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTA > USA300TCH1516_ALE/92897‑93076 | tttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTaga < 1:904941/91‑1 (MQ=255) tttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTaga < 1:1153176/91‑1 (MQ=255) ttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTagag > 1:2446154/1‑91 (MQ=255) ttttttATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTagag > 1:1203022/1‑91 (MQ=255) tgaattATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTagag > 1:1696264/5‑91 (MQ=255) tATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTAtt < 1:2765284/91‑1 (MQ=255) 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tttAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAAt < 1:1550821/91‑1 (MQ=255) tAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATAc > 1:4107940/1‑91 (MQ=255) tAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATAc > 1:1084700/1‑91 (MQ=255) aaTTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATAcc > 1:2461651/1‑91 (MQ=255) aaTTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATAcc > 1:2145858/1‑91 (MQ=255) ttGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTCACATCCTACTGTTTAAAATAcccc > 1:1687128/1‑91 (MQ=255) aaTAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCTTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTAc < 1:3283755/91‑1 (MQ=255) aaTAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTAc > 1:1862314/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |