| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,653,340 | C→T | 8.7% | intergenic (‑45/+114) | gcvT ← / ← aroK | Aminomethyltransferase/Shikimate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,653,340 | 0 | C | T | 8.7% | 430.3 / 21.2 | 138 | intergenic (‑45/+114) | gcvT/aroK | Aminomethyltransferase/Shikimate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/59); new base T (9/3); total (76/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCGAT > USA300TCH1516_ALE/1653250‑1653430 | cAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc < 1:873771/91‑1 (MQ=255)cAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc < 1:3642757/91‑1 (MQ=255)cAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc < 1:2441985/91‑1 (MQ=255)cAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAc < 1:1800707/91‑1 (MQ=255) aaCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAcc > 1:2920391/1‑91 (MQ=255) aCATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTAccc < 1:2155272/91‑1 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCt > 1:587182/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCt > 1:2009801/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCt > 1:468537/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCt > 1:3664048/1‑91 (MQ=255) cATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCt > 1:2788250/1‑91 (MQ=255) aTAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTg < 1:1963208/91‑1 (MQ=38) aaTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGtt < 1:2606434/91‑1 (MQ=255) aTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGttt > 1:2033368/1‑91 (MQ=255) aTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGttt > 1:2033117/1‑91 (MQ=255) aTTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGttt < 1:3464345/91‑1 (MQ=255) ttttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGGTAGCGATTGCTATCCTGtttt < 1:20136/91‑2 (MQ=37) tttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTtat < 1:2767880/91‑1 (MQ=255) ttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTtata > 1:2839161/1‑91 (MQ=255) ttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTtata < 1:1601802/91‑1 (MQ=255) ttGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTtata < 1:1138545/91‑1 (MQ=255) tGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATaa > 1:1909843/1‑91 (MQ=255) tGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATaa > 1:1910062/1‑91 (MQ=255) gATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATaaa > 1:1751045/1‑91 (MQ=255) atatAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAAt < 1:654819/91‑1 (MQ=255) tataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATc > 1:1729745/1‑91 (MQ=255) tataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATc < 1:1361287/91‑1 (MQ=255) ataAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATTAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCa < 1:3507595/91‑1 (MQ=255) aaaGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCAcc < 1:2454614/91‑1 (MQ=255) aaGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCa < 1:1126763/91‑1 (MQ=255) aGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCaa > 1:856953/1‑91 (MQ=255) aGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCaa > 1:1795270/1‑91 (MQ=255) aGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCaa > 1:1795288/1‑91 (MQ=255) ggTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAAt > 1:1643849/1‑91 (MQ=255) gtgtTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAAtt > 1:2940992/1‑91 (MQ=255) gtgtTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAAtt < 1:2697116/91‑1 (MQ=255) ttgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAgg < 1:3392384/91‑1 (MQ=255) tgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGa > 1:2014224/1‑91 (MQ=255) tgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGa > 1:4117803/1‑91 (MQ=255) tgtttTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGa > 1:3175456/1‑91 (MQ=255) gtttTAAATCACCTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCCATTCAGGaa < 1:3626759/91‑1 (MQ=255) tttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAAcg < 1:2080474/91‑1 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc > 1:589089/1‑91 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc < 1:1333678/91‑1 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc < 1:3760911/91‑1 (MQ=255) ttAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAAcgc > 1:493278/1‑91 (MQ=255) aCTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAg < 1:2614523/91‑1 (MQ=255) aCTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAg > 1:2271992/1‑91 (MQ=255) ttGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAACCAGAATAGCAATCGCTACCCTGTTTGTAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGta > 1:3312384/1‑91 (MQ=255) ttGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGta > 1:611283/1‑91 (MQ=255) tGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtat < 1:2087914/91‑1 (MQ=255) tGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtat < 1:817941/91‑1 (MQ=255) aCATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtatta < 1:3826168/91‑1 (MQ=255) aCATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGtatta < 1:1468551/91‑1 (MQ=255) aTTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATc > 1:443890/1‑91 (MQ=255) tGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCt < 1:3570457/91‑1 (MQ=255) gAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtt > 1:2912073/1‑91 (MQ=255) gAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtt > 1:2911654/1‑91 (MQ=255) gAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtt > 1:4106708/1‑91 (MQ=255) gAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCtt > 1:2120156/1‑91 (MQ=255) aTACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTg > 1:4037653/1‑91 (MQ=255) tACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGc > 1:775744/1‑91 (MQ=255) cccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCt > 1:828427/1‑91 (MQ=255) cccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCt < 1:995491/91‑1 (MQ=255) ccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTg > 1:3569011/1‑91 (MQ=255) ccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTg > 1:4010462/1‑91 (MQ=255) ccccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTg < 1:1538075/91‑1 (MQ=255) cccTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTga > 1:3073565/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGagag < 1:489156/91‑1 (MQ=255) ttAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGagag > 1:1366651/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGagag > 1:1853129/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGagag > 1:1852574/1‑91 (MQ=255) tAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGt < 1:985691/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCg > 1:623864/1‑91 (MQ=255) aTTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCg > 1:3042725/1‑91 (MQ=255) ttATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGt < 1:1392881/91‑1 (MQ=255) taAAAACAGGATAGCGATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaat > 1:3529543/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGtaata < 1:2744654/91‑1 (MQ=255) aaCAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAAt < 1:3377819/91‑1 (MQ=255) cAGGGTAGCGATTGCTATCCTGTTTTTAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTa > 1:612036/1‑91 (MQ=37) cAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTa < 1:1074867/91‑1 (MQ=255) gATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACtt > 1:1178665/1‑91 (MQ=255) gtAGCGATTGCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTg > 1:4030216/2‑91 (MQ=255) tAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGc < 1:3982843/91‑1 (MQ=255) gCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCAc < 1:3433470/91‑1 (MQ=255) gattgCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCt > 1:3003900/5‑91 (MQ=255) attgCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTGTCGTAATAAATTACTTGCACCtt > 1:196173/4‑91 (MQ=255) aTCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCtt > 1:3972366/1‑91 (MQ=255) ttgCTATCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATGATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAACTACTTGCACCTTc > 1:4146294/3‑91 (MQ=255) tCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTc < 1:284805/91‑1 (MQ=255) tCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTc > 1:4123005/1‑91 (MQ=255) tCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTc < 1:2348586/91‑1 (MQ=255) cGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCg > 1:2383860/1‑91 (MQ=255) cGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCg > 1:2935386/1‑91 (MQ=255) cTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGc < 1:335563/91‑1 (MQ=255) cTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGc > 1:2311151/1‑91 (MQ=255) aCCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCGa > 1:1642659/1‑91 (MQ=255) cccTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCGAt > 1:1824210/1‑91 (MQ=255) cccTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCGAt < 1:831860/91‑1 (MQ=255) cccTGTTTATAAATCACCAATTCAGCAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCGAt < 1:3847067/91‑1 (MQ=255) | CAACATAATTTTGATATAAAGGTGTTTGTTTTAAATCACTTGACATTGAAATACCCCCTTAAAATTATAAAAACAGGATAGCAATCGCTACCCTGTTTATAAATCACCAATTCAGGAACGCGTTACAGTATTATCCTTTTGCCTGAGAGTTTCGTAATAAATTACTTGCACCTTCGGCGAT > USA300TCH1516_ALE/1653250‑1653430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |