Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,662,039 | T→A | 7.0% | intergenic (‑126/+29) | USA300HOU_RS08275 ← / ← rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,662,039 | 0 | T | A | 7.0% | 590.4 / 24.4 | 170 | intergenic (‑126/+29) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/69); new base A (10/2); total (99/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCATTTCAA > USA300TCH1516_ALE/1661950‑1662129 | tattatTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTAtt > 1:1604659/1‑91 (MQ=255) ttattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGt > 1:4088873/1‑91 (MQ=255) tattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAAttatg < 1:3549965/91‑4 (MQ=2) ccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataaaaaaggtgaaacctcttattttgagatttcacctttttTATTGtt < 1:3633232‑M2/7‑1 (MQ=255) attTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTa > 1:1926989/1‑91 (MQ=255) ttCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaat > 1:2798874/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |