| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,678,274 | T→C | 6.3% | intergenic (+20/+130) | glyQS → / ← recO | Glycine‑‑tRNA ligase/DNA repair protein RecO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,678,274 | 0 | T | C | 6.3% | 406.6 / 13.1 | 127 | intergenic (+20/+130) | glyQS/recO | Glycine‑‑tRNA ligase/DNA repair protein RecO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/54); new base C (4/4); total (69/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
ATTCAATGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACA > USA300TCH1516_ALE/1678184‑1678364 | aTTCAATGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCat < 1:1740855/91‑1 (MQ=255) ttCAATGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCata > 1:334237/1‑91 (MQ=255) ttCAATGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCata < 1:1924061/91‑1 (MQ=255) ttCAATGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCata > 1:1579150/1‑91 (MQ=255) aaTGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATAtgt > 1:68619/1‑91 (MQ=255) aaTGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATAtgt > 1:3139626/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |