| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,678,277 | G→A | 6.4% | intergenic (+23/+127) | glyQS → / ← recO | Glycine‑‑tRNA ligase/DNA repair protein RecO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,678,277 | 0 | G | A | 6.4% | 405.8 / 12.6 | 124 | intergenic (+23/+127) | glyQS/recO | Glycine‑‑tRNA ligase/DNA repair protein RecO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/55); new base A (4/4); total (65/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AATGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACA > USA300TCH1516_ALE/1678188‑1678366 | aaTGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATAtgt < 1:1980842/91‑1 (MQ=255)aaTGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATAtgt > 1:68619/1‑91 (MQ=255) aTGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATAtgtg > 1:2441000/1‑91 (MQ=255) ggAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATgtggt > 1:3309945/1‑91 (MQ=255) aaCAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCACATAtggtgg < 1:108039/91‑1 (MQ=255) aaCAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCACATAtggtgg < 1:3061202/91‑1 (MQ=255) aCAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGc < 1:1473632/91‑1 (MQ=255) cAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCt > 1:705660/1‑91 (MQ=255) cAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCACATAtggtggaa < 1:3012082/91‑3 (MQ=255) aGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCtat > 1:1634851/1‑91 (MQ=255) aGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCtat < 1:79198/91‑1 (MQ=255) aGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCtat < 1:493680/91‑1 (MQ=255) gTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAACATTCTAATTAAAATGACTTTCCACCATATGTGGTGGCtata > 1:174629/1‑91 (MQ=255) gTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCtata > 1:2535465/1‑91 (MQ=255) cGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATaa < 1:259976/91‑1 (MQ=255) cGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATaa < 1:260050/91‑1 (MQ=255) gTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAAt < 1:2398505/91‑1 (MQ=255) tATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAAtt > 1:3309594/1‑91 (MQ=255) tATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAAtt > 1:3310487/1‑91 (MQ=255) aTGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAAttt < 1:1908788/91‑1 (MQ=255) tGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTta > 1:3100358/1‑91 (MQ=255) tGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTta > 1:2659284/1‑91 (MQ=255) gCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTtat < 1:2713961/91‑1 (MQ=255) ccAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTtata > 1:4008299/1‑91 (MQ=255) aaTCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATaaa < 1:395133/91‑1 (MQ=255) aaTCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATaaa < 1:672001/91‑1 (MQ=255) tctcAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATaaaaa < 1:1842629/91‑1 (MQ=255) tcAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAGACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAaga < 1:3332225/91‑1 (MQ=255) tcAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACATAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAaga < 1:3403601/91‑1 (MQ=255) tcAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAaga < 1:3570181/91‑1 (MQ=255) tcAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAaga < 1:3570363/91‑1 (MQ=255) cAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAagag > 1:1781057/1‑91 (MQ=255) cAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAagag > 1:1780633/1‑91 (MQ=255) cAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAagag > 1:4020012/1‑91 (MQ=255) agagTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAGAATTCTAATTAAGAAGACTTTTCACTATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAgaga < 1:3317771/91‑1 (MQ=255) agagTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAgaga < 1:3023028/91‑1 (MQ=255) agTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATa > 1:3765146/1‑91 (MQ=255) agTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATa > 1:3168801/1‑91 (MQ=255) aGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTgg > 1:3896556/1‑91 (MQ=255) aGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTgg > 1:3364100/1‑91 (MQ=255) aGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTgg > 1:3364234/1‑91 (MQ=255) gAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGt > 1:797367/1‑91 (MQ=255) aaGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGtt < 1:599789/91‑1 (MQ=255) aGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTa > 1:1996220/1‑91 (MQ=255) gCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAg < 1:872536/91‑1 (MQ=255) tttCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTa > 1:2663302/1‑91 (MQ=255) tttCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTa < 1:1945239/91‑1 (MQ=255) tttCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTa < 1:1943134/91‑1 (MQ=255) ttCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTaa > 1:3709668/1‑91 (MQ=255) cTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTaaaa > 1:2395009/1‑91 (MQ=255) cTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTaaaa > 1:2395217/1‑91 (MQ=255) ttAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAAt > 1:2317858/1‑91 (MQ=255) aCTCAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGGCTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTATAATTGc < 1:3221290/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGt > 1:3228696/1‑91 (MQ=255) aaaaaaCAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGt > 1:3227942/1‑91 (MQ=255) aaaaaaCAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGt < 1:1438603/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGt < 1:3738199/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTa < 1:1617823/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTa < 1:3605769/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTa < 1:3605883/91‑1 (MQ=255) aCAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTAtctc < 1:2379497/91‑1 (MQ=255) cAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATctct < 1:652634/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCttt < 1:1858057/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCttt > 1:2108162/1‑91 (MQ=255) aaTTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCtttt > 1:3348967/1‑91 (MQ=255) aaTTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCtttt < 1:4011743/91‑1 (MQ=255) ttCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCt < 1:2001092/91‑1 (MQ=255) ttCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCt < 1:2949700/91‑1 (MQ=255) tCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTa < 1:1227076/91‑1 (MQ=255) tCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTa < 1:2958242/91‑1 (MQ=255) cTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTAt > 1:193516/1‑91 (MQ=255) tAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTAtt < 1:1369750/91‑1 (MQ=255) aTTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCa > 1:697803/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCaa < 1:905770/91‑1 (MQ=255) aaaGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAg < 1:3908488/91‑1 (MQ=255) aaaGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAg < 1:2133867/91‑1 (MQ=255) aaGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAgg > 1:2744543/1‑91 (MQ=255) gACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTa > 1:3488070/1‑91 (MQ=255) gACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTa > 1:783450/1‑91 (MQ=255) aCTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTAt < 1:1913031/91‑1 (MQ=255) aCTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTAt < 1:4129463/91‑1 (MQ=255) cTTTTCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTAtt > 1:3310128/1‑91 (MQ=255) cTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTAtt > 1:95339/1‑91 (MQ=255) cTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTAtt > 1:1069317/1‑91 (MQ=255) cTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTAtt > 1:95988/1‑91 (MQ=255) tagccaccaCATATGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTc > 1:4107116/4‑91 (MQ=255) ttCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCa > 1:3879970/1‑91 (MQ=255) ttCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCa > 1:3198439/1‑91 (MQ=255) ttCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGGTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCa > 1:3300564/1‑91 (MQ=255) ccaccaCATATGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCaaa > 1:478236/1‑91 (MQ=255) ccaccaCATATGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCaaa > 1:300141/1‑91 (MQ=255) caccaTATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAAt > 1:3960048/1‑91 (MQ=255) accaTATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATa > 1:107840/1‑91 (MQ=255) ccaTATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATaa > 1:864164/1‑91 (MQ=255) ccaTATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATaa > 1:949488/1‑91 (MQ=255) caTATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATaaa > 1:461072/1‑91 (MQ=255) atatGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAac > 1:63551/1‑91 (MQ=255) atatGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAac < 1:2159211/91‑1 (MQ=255) tatGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAaca < 1:709831/91‑1 (MQ=255) tgtgGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAAcaca < 1:1573163/91‑1 (MQ=255) | AATGGAACAAGTTCGTATGCCAATCTCAGAGTTAGAAGCTTTCTTAACTGAAAAAACAAAATTCTAATTAAAAAGACTTTCCACCATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACA > USA300TCH1516_ALE/1678188‑1678366 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |