| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,678,362 | A→C | 5.1% | intergenic (+108/+42) | glyQS → / ← recO | Glycine‑‑tRNA ligase/DNA repair protein RecO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,678,362 | 0 | A | C | 5.1% | 408.1 / 7.6 | 117 | intergenic (+108/+42) | glyQS/recO | Glycine‑‑tRNA ligase/DNA repair protein RecO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/48); new base C (4/2); total (67/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CATATGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACATCTATGTGGCTACTTGAATACCTTTTATTATTTTATGTTATTGTTCCAATCTTTTTAATTGGTTGATTAGTTTCTGACTTTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/1678272‑1678452 | atatGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAac > 1:63551/1‑91 (MQ=255) atatGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAac < 1:2159211/91‑1 (MQ=255) tatGTGGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAaca < 1:709831/91‑1 (MQ=255) catatggtggCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAaca > 1:1129851/5‑91 (MQ=255) catatggtggCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAaca > 1:1130155/5‑91 (MQ=255) tgtgGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAAcaca < 1:1573163/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |