| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,678,369 | T→G | 5.1% | intergenic (+115/+35) | glyQS → / ← recO | Glycine‑‑tRNA ligase/DNA repair protein RecO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,678,369 | 0 | T | G | 5.1% | 446.6 / 12.4 | 127 | intergenic (+115/+35) | glyQS/recO | Glycine‑‑tRNA ligase/DNA repair protein RecO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/51); new base G (4/3); total (73/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GGTGGCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACATCTATGTGGCTACTTGAATACCTTTTATTATTTTATGTTATTGTTCCAATCTTTTTAATTGGTTGATTAGTTTCTGACTTTTAAAAAACATAC > USA300TCH1516_ALE/1678279‑1678459 | ggtggCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACATCt > 1:1132287/1‑91 (MQ=255)ggtggCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACATCt > 1:121841/1‑91 (MQ=255)ggtggCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACATCt > 1:2019931/1‑91 (MQ=255) tggCTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACATCTAt > 1:2426192/1‑91 (MQ=255) cTATATAATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACATCTAtgtg < 1:1840222/91‑1 (MQ=255) atataATTTATAAAAAGAGATACTGGTTAGTAAAATTGCCAGTATCTCTTTTCTATTCAAAAAGGTATTCAAATAAACACATCTATGTGGc > 1:2175476/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |