| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,685,148 | C→T | 6.3% | intergenic (‑160/+60) | USA300HOU_RS08395 ← / ← rpsU | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,685,148 | 0 | C | T | 6.3% | 350.8 / 7.9 | 106 | intergenic (‑160/+60) | USA300HOU_RS08395/rpsU | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/57); new base T (5/2); total (47/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |