| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,722,314 | T→C | 9.7% | L2L (TTA→TTG) | yrrK ← | Putative pre‑16S rRNA nuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,722,314 | 0 | T | C | 9.7% | 329.4 / 17.5 | 109 | L2L (TTA→TTG) | yrrK | Putative pre‑16S rRNA nuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/47); new base C (3/8); total (54/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GTCTAATCCTTGTGCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATTTGATTTCT > USA300TCH1516_ALE/1722224‑1722403 | gtCTAATCCTTGTGCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTAtgttgt < 1:491495/91‑1 (MQ=255) cTAATCCTTGTGCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTaa < 1:1058113/91‑1 (MQ=255) tCCTTGTGCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTACAACATa < 1:3008453/91‑1 (MQ=255) tCCTTGTGCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTACAACATa < 1:3441549/91‑1 (MQ=255) tCCTTGTGCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTACAACATa < 1:84693/91‑1 (MQ=255) tCCTTGTGCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTACAACATa < 1:84470/91‑1 (MQ=255) tCCTTGTGCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTACAACATa < 1:373539/91‑1 (MQ=255) tgtgCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAatt > 1:1261700/1‑91 (MQ=255) gtgCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAatta < 1:692131/91‑1 (MQ=255) gCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAattatt > 1:2199089/1‑91 (MQ=255) ccGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAAttattt < 1:251592/91‑1 (MQ=255) ccGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAAttattt < 1:1130031/91‑1 (MQ=255) gTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAAttatttat > 1:3726679/1‑91 (MQ=255) gTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAAttatttat < 1:2129454/91‑1 (MQ=255) tCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATtatttatt < 1:644701/91‑1 (MQ=255) tCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCATAAAATTTTATGTTGTAACATAAATtatttatt > 1:3677974/1‑91 (MQ=255) tCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCATAAAATTTTATGTTGTAACATAAATtatttatt > 1:3678511/1‑91 (MQ=255) ccAACCCATTATATCCCTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTatttattt > 1:3522385/1‑91 (MQ=255) ccAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTatttattt < 1:408647/91‑1 (MQ=255) aaCCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTg > 1:2335139/1‑91 (MQ=255) aaCCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTg > 1:3380735/1‑91 (MQ=255) aCCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGc < 1:3840290/91‑1 (MQ=255) aCCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGc > 1:1890125/1‑91 (MQ=255) aCCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGc < 1:3840147/91‑1 (MQ=255) aCCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGc < 1:3840869/91‑1 (MQ=255) cccATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGct < 1:2582962/91‑1 (MQ=255) cccATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGct < 1:2185590/91‑1 (MQ=255) ccATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGctc > 1:4117461/1‑91 (MQ=255) cATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGctct < 1:2499272/91‑1 (MQ=255) aTTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCtt < 1:849651/91‑1 (MQ=255) aTTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCtt < 1:1096577/91‑1 (MQ=255) aTTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCtt > 1:680010/1‑91 (MQ=255) aTTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCtt < 1:3659386/91‑1 (MQ=255) aTTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCtt > 1:24770/1‑91 (MQ=255) aTTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATCTATTTTGCTCtt < 1:3188521/91‑1 (MQ=255) ttATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCttt > 1:3390435/1‑91 (MQ=255) tataTCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCtttt < 1:2214562/91‑1 (MQ=255) tataTCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCtttt > 1:2852261/1‑91 (MQ=255) tataTCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCtttt < 1:387756/91‑1 (MQ=255) tatCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTaa > 1:336639/1‑91 (MQ=255) tatCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTACTTATTTTGCTCTTTTaa > 1:3557363/1‑91 (MQ=255) atCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTaaa < 1:1356463/91‑1 (MQ=255) tCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAACATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAAt > 1:3769468/1‑91 (MQ=255) tCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTCTGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAAt < 1:3506248/91‑1 (MQ=255) tCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAAt > 1:1109192/1‑91 (MQ=255) tCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAAt > 1:3770605/1‑91 (MQ=255) cACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATa < 1:3252984/91‑1 (MQ=255) cACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATa < 1:3252879/91‑1 (MQ=255) cTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGt > 1:518730/1‑91 (MQ=255) tAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTa < 1:890269/91‑1 (MQ=255) aTTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAg > 1:476823/1‑91 (MQ=255) cAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAAc > 1:1059128/1‑91 (MQ=255) cAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAAc < 1:3372665/91‑1 (MQ=255) cAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAAc < 1:2343601/91‑1 (MQ=255) cAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAAc < 1:2342692/91‑1 (MQ=255) aTTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACaa > 1:1826281/1‑91 (MQ=255) aTTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACaa > 1:1826430/1‑91 (MQ=255) ccTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGct < 1:1623417/91‑1 (MQ=255) ccTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGct > 1:1271914/1‑91 (MQ=255) ccTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGct > 1:2297812/1‑91 (MQ=255) aCCGTTCTACTACCGACGTCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCtt < 1:3559459/91‑1 (MQ=255) ccGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTc < 1:1995917/91‑1 (MQ=255) cGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTcc > 1:1223351/1‑91 (MQ=255) tactacCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCataat < 1:61909/91‑1 (MQ=255) tactacCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCataat < 1:1084514/91‑1 (MQ=255) ctacCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCAtaataa < 1:373611/91‑1 (MQ=255) ctacCGACATCGAGTCCTAAAATCTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCAtaataa > 1:587417/1‑91 (MQ=255) cGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACAtc > 1:1625660/1‑91 (MQ=255) aCATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACAtctc < 1:3029218/91‑1 (MQ=255) aTCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTa > 1:4049671/1‑91 (MQ=255) aTCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTa > 1:1837690/1‑91 (MQ=255) aTCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTa > 1:3261194/1‑91 (MQ=255) tCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTAt > 1:735204/1‑91 (MQ=255) cGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATc > 1:692972/1‑91 (MQ=255) gAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCa < 1:1940801/91‑1 (MQ=255) gTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAat > 1:1452857/1‑91 (MQ=255) gTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAat > 1:2762351/1‑91 (MQ=255) tCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAata < 1:2118800/91‑1 (MQ=255) cTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATg < 1:1767350/91‑1 (MQ=255) cTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATg < 1:2159921/91‑1 (MQ=255) tAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGa < 1:1733902/91‑1 (MQ=255) tAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGa > 1:401406/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGAc < 1:3839378/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACg > 1:730512/1‑91 (MQ=255) taatttATGTTACAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGa > 1:2999979/4‑91 (MQ=255) aaTTTTATGTTGCAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGa > 1:3211553/1‑91 (MQ=255) aatttATGTTACAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGaa > 1:236081/3‑91 (MQ=255) aTTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGaa > 1:1439556/1‑91 (MQ=255) aTTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGaa > 1:1439557/1‑91 (MQ=255) tttATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAAtt < 1:3791722/91‑1 (MQ=255) ttATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAAttt < 1:1748234/91‑1 (MQ=255) aTGTTGTAACATCAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGTTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATGTGa > 1:3207258/1‑91 (MQ=255) tgttgtAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATTTGAt < 1:365605/91‑1 (MQ=255) tgttgtAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATTTGAt < 1:1563861/91‑1 (MQ=255) tgttgtAACATAAATTATTTATTTTACTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATTTGAt < 1:3873332/91‑1 (MQ=255) gttgtAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATTTGAtt > 1:1415354/1‑91 (MQ=255) gttgtAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATTTGAtt > 1:3100464/1‑91 (MQ=255) gttgtAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATTTGAtt > 1:3100448/1‑91 (MQ=255) gtAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATTTGATTTCt > 1:2146207/1‑91 (MQ=255) gtAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATTTGATTTCt < 1:20498/91‑1 (MQ=255) | GTCTAATCCTTGTGCCGTCCAACCCATTATATCACTAATTGCAATTCCTACCGTTCTACTACCGACATCGAGTCCTAAAATTTTATGTTGTAACATAAATTATTTATTTTGCTCTTTTAAATAGTAAGAAACAAGCTCTTCCATAATAACATCTCTATCAATATGACGAATTTGATTTCT > USA300TCH1516_ALE/1722224‑1722403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |