Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,761,889 | C→A | 57.4% | D388Y (GAT→TAT) | fpgS ← | Folylpolyglutamate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,761,889 | 0 | C | A | 57.4% | 61.3 / 180.9 | 115 | D388Y (GAT→TAT) | fpgS | Folylpolyglutamate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/29); new base A (33/33); total (53/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
ATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACG > USA300TCH1516_ALE/1761799‑1761978 | aTTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATc < 1:266493/91‑1 (MQ=255) ttttGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATct < 1:2236201/91‑1 (MQ=255) ttttGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATct > 1:80317/1‑91 (MQ=255) tttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAAt > 1:3693673/1‑91 (MQ=255) tttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAAt < 1:1480466/91‑1 (MQ=255) tCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTAttt < 1:3244882/91‑1 (MQ=255) tCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTAttt < 1:3822631/91‑1 (MQ=255) tCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTAttt < 1:2302568/91‑1 (MQ=255) tCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTAttt < 1:789909/91‑1 (MQ=255) cACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtc > 1:891748/1‑91 (MQ=255) cACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtc > 1:891474/1‑91 (MQ=255) aCTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTtca > 1:1619156/1‑91 (MQ=255) aCTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtca > 1:2847930/1‑91 (MQ=255) cTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtcat < 1:3066363/91‑1 (MQ=255) cTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtcat < 1:1685348/91‑1 (MQ=255) tATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtcatca > 1:3905592/1‑91 (MQ=255) aTGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTcatcat < 1:3886538/91‑1 (MQ=255) tGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtcataagt > 1:3192100/1‑87 (MQ=255) tGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtcataagt > 1:3192457/1‑87 (MQ=255) aaaTACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCAtttt < 1:3679038/91‑1 (MQ=255) aaaTACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCAtttt < 1:3678058/91‑1 (MQ=255) aaaTACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCAtttt < 1:1804815/91‑1 (MQ=255) aTACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCa > 1:3561452/1‑91 (MQ=255) aCAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAt < 1:338747/91‑1 (MQ=255) aCAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAt < 1:338762/91‑1 (MQ=255) aCAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAt > 1:1148727/1‑91 (MQ=255) aCAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAt > 1:3358548/1‑91 (MQ=255) aCAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAt > 1:3358774/1‑91 (MQ=255) aGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtac < 1:2780510/91‑1 (MQ=255) aGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtac < 1:2780446/91‑1 (MQ=255) aGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtac < 1:2780194/91‑1 (MQ=255) aGACTACCGGTAATTACAAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtac < 1:2780987/91‑1 (MQ=255) gACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtact > 1:757232/1‑91 (MQ=255) gACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtact > 1:805281/1‑91 (MQ=255) aCTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtacta < 1:4029202/91‑1 (MQ=255) cTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtactac > 1:3701811/1‑91 (MQ=255) cTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtactac > 1:352474/1‑91 (MQ=255) cTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtactac > 1:587293/1‑91 (MQ=255) tACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacc < 1:1410179/91‑1 (MQ=255) aCCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacct > 1:1998466/1‑91 (MQ=255) ccGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActaccta < 1:1836813/91‑1 (MQ=255) ccGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActaccta > 1:589283/1‑91 (MQ=255) cGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacctac < 1:2317382/91‑1 (MQ=255) cGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacctac < 1:2317357/91‑1 (MQ=255) gTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACaa > 1:2112098/1‑91 (MQ=255) tAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAt < 1:1077873/91‑1 (MQ=255) tAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAt < 1:1078040/91‑1 (MQ=255) tAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAt < 1:1078568/91‑1 (MQ=255) tAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAt < 1:4069006/91‑1 (MQ=255) tAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAt < 1:4092998/91‑1 (MQ=255) tAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAt < 1:1484189/91‑1 (MQ=255) aaTTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAtt > 1:2834617/1‑91 (MQ=255) aaTTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAtt < 1:1432257/91‑1 (MQ=255) aaTTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAtt > 1:3479833/1‑91 (MQ=255) aaTTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAtt > 1:769506/1‑91 (MQ=255) aTTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAttt < 1:3384054/91‑1 (MQ=255) aTTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAAttt < 1:737060/91‑1 (MQ=255) tACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATttct > 1:1529510/1‑91 (MQ=255) aCTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATttctt > 1:1622934/1‑91 (MQ=255) cTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATttcttc > 1:2668900/1‑91 (MQ=255) aaTGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTcttctt > 1:2845907/1‑91 (MQ=255) tATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCg < 1:1919926/91‑1 (MQ=255) tATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCg < 1:1920057/91‑1 (MQ=255) tATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCg < 1:2333060/91‑1 (MQ=255) aTCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGt < 1:202913/91‑1 (MQ=255) tCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTa > 1:3477461/1‑91 (MQ=255) tCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTa < 1:2912211/91‑1 (MQ=255) cACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTaa > 1:3048470/1‑91 (MQ=255) cACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTaa > 1:2212910/1‑91 (MQ=255) aCCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAAc > 1:2449408/1‑91 (MQ=255) aCCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAAc < 1:1336987/91‑1 (MQ=255) aCCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTGCTTTGCGTAAc > 1:3765741/1‑91 (MQ=255) ccTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACg < 1:4022643/91‑1 (MQ=255) ccTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACg > 1:2792073/1‑91 (MQ=255) ttGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCt > 1:2050822/1‑91 (MQ=255) tGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCtt < 1:1670025/91‑1 (MQ=255) aTAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTc < 1:2849567/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCgg < 1:1192492/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGa < 1:3718151/91‑1 (MQ=255) tttttATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGaaa > 1:407773/1‑91 (MQ=255) ttttATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGaaaa < 1:420090/91‑1 (MQ=255) tataAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCa > 1:960183/1‑91 (MQ=255) ataAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCaa > 1:4089724/1‑91 (MQ=255) aaTTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAAtt < 1:2400332/91‑1 (MQ=255) aaTTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAAtt < 1:3658776/91‑1 (MQ=255) aTTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTc > 1:1469797/1‑91 (MQ=255) cGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAACTTCAGTTGc > 1:3721750/1‑91 (MQ=255) cGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGc > 1:3720913/1‑91 (MQ=255) cGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTGCAATTTCTGCTTAGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGc < 1:3305082/91‑1 (MQ=255) cGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGc > 1:3818627/1‑91 (MQ=255) cGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGc < 1:17184/91‑1 (MQ=255) gTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATaa > 1:201064/1‑91 (MQ=255) gTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATaa < 1:3509452/91‑1 (MQ=255) gTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATaa < 1:3509469/91‑1 (MQ=255) gTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATaa > 1:3251140/1‑91 (MQ=255) gTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATaa > 1:1205420/1‑91 (MQ=255) tCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATaaa < 1:2212827/91‑1 (MQ=255) aTCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAAc < 1:3573083/91‑1 (MQ=255) tCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACg < 1:2758624/91‑1 (MQ=255) tCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACg < 1:1922789/91‑1 (MQ=255) | ATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACG > USA300TCH1516_ALE/1761799‑1761978 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |