| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,776,634 | C→T | 6.7% | intergenic (‑111/+40) | clpX ← / ← tig | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Trigger factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,776,634 | 0 | C | T | 6.7% | 387.5 / 12.8 | 119 | intergenic (‑111/+40) | clpX/tig | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX/Trigger factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/50); new base T (4/4); total (65/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TTAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAATTTAATATTTAATGAAGATTAATCTTCTTTAGTTCCTTCAACGAACTTTGCGTTATCTCTTAATAAAT > USA300TCH1516_ALE/1776544‑1776723 | ttAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGc > 1:2737636/1‑91 (MQ=255)ttAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGc > 1:4020540/1‑91 (MQ=255)ttAAAGACTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACAGAAGC‑TATGc > 1:3727613/1‑91 (MQ=255) aCTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGc > 1:1464725/1‑91 (MQ=255) cTATACTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATGCAT‑AGCTTATGTATCTGCt < 1:2553973/91‑1 (MQ=37) tataCTAGATTGGATGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTa < 1:2285280/91‑1 (MQ=255) 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tGTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAat > 1:3677935/1‑91 (MQ=255) gTTACAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAatt < 1:100428/91‑1 (MQ=255) aCAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAatttaa > 1:910268/1‑91 (MQ=255) cAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAatttaat < 1:2255699/91‑1 (MQ=255) cAATGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAatttaat > 1:993225/1‑91 (MQ=255) aaTGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAatttaata < 1:871700/91‑1 (MQ=255) aaTGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAatttaata < 1:3151680/91‑1 (MQ=255) aTGCAACATATTAACATACAAACTTTTTGCTTAAAGAATAGTAGCAGATACATAAGC‑TATGCATCTGCTACTCATTTTTGTAatttaatat > 1:3243544/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |