| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,779,807 | A→G | 15.5% | intergenic (‑113/+29) | USA300TCH1516_01664 ← / ← rplT | hypothetical protein/50S ribosomal protein L20 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,779,807 | 0 | A | G | 15.5% | 329.2 / 48.3 | 129 | intergenic (‑113/+29) | USA300TCH1516_01664/rplT | hypothetical protein/50S ribosomal protein L20 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/49); new base G (13/7); total (73/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |