Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,779,810 | A→T | 14.8% | intergenic (‑116/+26) | USA300TCH1516_01664 ← / ← rplT | hypothetical protein/50S ribosomal protein L20 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,779,810 | 0 | A | T | 14.8% | 389.3 / 56.1 | 135 | intergenic (‑116/+26) | USA300TCH1516_01664/rplT | hypothetical protein/50S ribosomal protein L20 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/53); new base T (13/7); total (75/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.02e-01 |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCG > USA300TCH1516_ALE/1779721‑1779899 | tgttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAAt > 1:2027158/1‑91 (MQ=255) ttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGc > 1:2835969/1‑91 (MQ=255) ttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGc < 1:2337062/91‑1 (MQ=255) ttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGc < 1:1983988/91‑1 (MQ=255) ttCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGc < 1:1983744/91‑1 (MQ=255) tctcTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGcc < 1:944578/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |