Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,789,551 | C→T | 9.2% | intergenic (‑32/+138) | gapA2 ← / ← coaE | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 2/Dephospho‑CoA kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,789,551 | 0 | C | T | 9.2% | 302.0 / 16.0 | 98 | intergenic (‑32/+138) | gapA2/coaE | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 2/Dephospho‑CoA kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/51); new base T (3/6); total (41/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ATACGTAATACCATTCTTCCAATTCTACCCATACCATTAATTGCAATATTCGTTGACATTAAAAGCACCCCTTGATCTTTATGTGTTATACTTTATGGAATTAGTATAGCATATTATATGAAATTTGAAAGCGTTTTCCGTTGATTTATTTATCTTTTTTATAAAAAATAGTCATT > USA300TCH1516_ALE/1789461‑1789636 | aTACGTAATACCATTCTTCCAATTCTACCCATACCATTAATTGCAATATTCGTTGACATTAAAAGCACCCCTTGATCTTTATGTGTTATAc > 1:3058779/1‑91 (MQ=255) aTACGTAATACCATTCTTCCAATTCTACCCATACCATTAATTGCAATATTCGTTGACATTAAAAGCACCCCTTGATCTTTATGTGTTATAc > 1:3058969/1‑91 (MQ=255) aTACGTAATACCATTCTTCCAATTCTACCCATACCATTAATTGCAATATTCGTTGACATTAAAAGCACCCCTTGATCTTTATGTGTTATAc > 1:4036067/1‑91 (MQ=255) tACGTAATACCATTCTTCCAATTCTACCCATACCATTAATTGCAATATTCGTTGACATTAAAAGCACCCCTTGATCTTTATGTGTTATACt < 1:792648/91‑1 (MQ=255) aCGTAATACCATTCTTCCAATTCTACCCATACCATTAATTGCAATATTCGTTGACATTAAAAGCACCCCTTGATCTTTATGTGTTATACtt > 1:2054303/1‑91 (MQ=255) aCGTAATACCATTCTTCCAATTCTACCCATACCATTAATTGCAATATTCGTTGACATTAAAAGCACCCCTTGATCTTTATGTGTTATACtt > 1:2053628/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |