Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,885,368 | G→A | 7.0% | intergenic (‑150/+176) | ebh_2 ← / ← moeZ_2 | Extracellular matrix‑binding protein ebh/putative adenylyltransferase/sulfurtransferase MoeZ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,885,368 | 0 | G | A | 7.0% | 464.5 / 17.0 | 144 | intergenic (‑150/+176) | ebh_2/moeZ_2 | Extracellular matrix‑binding protein ebh/putative adenylyltransferase/sulfurtransferase MoeZ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/74); new base A (5/5); total (64/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TACGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGTTTTATTTTATTACAATTTAGTTTCCGTTTTGTAATTAAAATCTTAATAAAACATAACAAGAACGCTTTAGATTGTTTTGTAACAGAAAG > USA300TCH1516_ALE/1885278‑1885458 | aCGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGt > 1:2164493/1‑91 (MQ=255) cGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGtt > 1:2662100/1‑91 (MQ=255) cGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGtt < 1:618571/91‑1 (MQ=255) gCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGttt > 1:2282461/1‑91 (MQ=255) gCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGttt < 1:596849/91‑1 (MQ=255) gCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAAGAAAGttt > 1:2083048/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |