Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,885,369 | T→C | 5.3% | intergenic (‑151/+175) | ebh_2 ← / ← moeZ_2 | Extracellular matrix‑binding protein ebh/putative adenylyltransferase/sulfurtransferase MoeZ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,885,369 | 0 | T | C | 5.3% | 441.1 / 10.0 | 132 | intergenic (‑151/+175) | ebh_2/moeZ_2 | Extracellular matrix‑binding protein ebh/putative adenylyltransferase/sulfurtransferase MoeZ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/72); new base C (5/2); total (58/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
ACGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGTTTTATTTTATTACAATTTAGTTTCCGTTTTGTAATTAAAATCTTAATAAAACATAACAAGAACGCTTTAGATTGTTTTGTAACAGAAAGT > USA300TCH1516_ALE/1885279‑1885459 | cGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGtt > 1:2662100/1‑91 (MQ=255) cGCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGtt < 1:618571/91‑1 (MQ=255) gCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGttt > 1:2282461/1‑91 (MQ=255) gCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGttt < 1:596849/91‑1 (MQ=255) gCTCCCTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAAGAAAGttt > 1:2083048/1‑91 (MQ=255) cTCATATTATATTTATAGCTATATTATTTTGTACAATATTTTAAGTTCACTCAATTTTATCATCATCATTTTATAAAATAAAGttttattt > 1:1441696/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |