| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,899,097 | C→G | 6.3% | intergenic (‑88/+405) | ribD ← / ← USA300HOU_RS09405 | Riboflavin biosynthesis protein RibD/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,899,097 | 0 | C | G | 6.3% | 501.7 / 19.1 | 143 | intergenic (‑88/+405) | ribD/USA300HOU_RS09405 | Riboflavin biosynthesis protein RibD/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/67); new base G (4/5); total (71/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TAAATTGACTCAAATGATCACCTCTATAAACAAAAATCCTCACATCATGAATTAAGATGCAAGGAGAAAAATTTATCGTTAAATAAGCCTATTTGTACACATTTTTACAAATACGCTACATTATCTTTGTCGATAATTAACATTCTTTCTCCCATCCAGACTTTAACTGTCGGCTCTA > USA300TCH1516_ALE/1899009‑1899186 | tAAATTGACTCAAATGATCACCTCTATAAACAAAAATCCTCACATCATGAATTAAGATGCAAGGAGAAAAATTTATCGTTAAATAAGCCTa > 1:2283221/1‑91 (MQ=255)tAAATTGACTCAAATGATCACCTCTATAAACAAAAATCCTCACATCATGAATTAAGATGCAAGGAGAAAAATTTATCGTTAAATAAGCCTa < 1:3001585/91‑1 (MQ=255)tAAATTGACTCAAATGATCACCTCTATAAACAAAAATCCTCACATCATGAATTAAGATGCAAGGAGAAAAATTTATCGTTAAATAAGCCTa < 1:1894047/91‑1 (MQ=255) tGACTCAAATGATCACCTCTATAAACAAAAATCCTCACATCATGAATTAAGATGCAAGGAGAAAAATTTATCGTTAAATAAGCCTATTTGt < 1:203115/91‑1 (MQ=255) tGACTCAAATGATCACCTCTATAAACAAAAATCCTCACATCATGAATTAAGATGCAAGGAGAAAAATTTATCGTTAAATAAGCCTATTTGt < 1:3465542/91‑1 (MQ=255) tGACTCAAATGATCACCTCTATAAACAAAAATCCTCACATCATGAATTAAGATGCAAGGAGAAAAATTTATCGTTAAATAAGCCTATTTGt < 1:876968/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |