Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,033,564 | C→T | 6.1% | R382Q (CGA→CAA) | murF_1 ← | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,033,564 | 0 | C | T | 6.1% | 430.8 / 10.8 | 131 | R382Q (CGA→CAA) | murF_1 | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/61); new base T (5/3); total (67/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GTGAAACCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAATC > USA300TCH1516_ALE/2033474‑2033653 | gtgAAACCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATc < 1:2766137/91‑1 (MQ=255) gtgAAACCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATc < 1:3876102/91‑1 (MQ=255) tgAAACCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCg > 1:4083683/1‑91 (MQ=255) tgAAACCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCg > 1:3987660/1‑91 (MQ=255) gAAACCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGc > 1:2354044/1‑91 (MQ=255) aCCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAt > 1:2259725/1‑91 (MQ=255) aCCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAt > 1:104136/1‑91 (MQ=255) ccTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAtt < 1:2733602/91‑1 (MQ=255) ccTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAtt < 1:3854135/91‑1 (MQ=255) ccTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAtt < 1:2813866/91‑1 (MQ=255) cTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTg < 1:3853424/91‑1 (MQ=255) tttATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGa < 1:838676/91‑1 (MQ=255) ataATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATTGCGATTGAAGt < 1:517448/91‑1 (MQ=255) ataATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATTGCGATTGAAGt < 1:1919824/91‑1 (MQ=255) ataATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGt > 1:2325306/1‑91 (MQ=255) taATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGtt < 1:2831995/91‑1 (MQ=255) taATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGtt > 1:1084489/1‑91 (MQ=255) aTCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGGAATTGAAGttct < 1:3188860/91‑1 (MQ=255) aTCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGAAATTGAAGttct < 1:3189721/91‑1 (MQ=255) ccATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGttcttc > 1:278604/1‑91 (MQ=255) ccATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGttcttc > 1:3837107/1‑91 (MQ=255) cATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTtcttct > 1:1079210/1‑91 (MQ=255) cATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTtcttct < 1:1715250/91‑1 (MQ=255) gTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTc > 1:1484895/1‑91 (MQ=255) gTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTc > 1:3148885/1‑91 (MQ=255) tCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCg > 1:1774167/1‑91 (MQ=255) tCTTCGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCg > 1:3272890/1‑91 (MQ=255) tttGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCgtg > 1:3384907/1‑91 (MQ=255) gCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTAc < 1:2210838/91‑1 (MQ=255) gCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTAc > 1:1935910/1‑91 (MQ=255) gCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTCCTGCTCGTGTAc > 1:1524238/1‑91 (MQ=255) gCCGTTGCGTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTAc > 1:3925092/1‑91 (MQ=255) gCCGTTGCGTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTAc > 1:147214/1‑91 (MQ=255) ccGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAGCCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCgtgacag < 1:3293393/91‑5 (MQ=255) ccGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCgtgacag < 1:3808428/91‑5 (MQ=255) ttGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGt < 1:1672282/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGt < 1:1672000/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGt > 1:4037351/1‑91 (MQ=255) ttGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCACGTGTACCTGt > 1:3760408/1‑91 (MQ=255) cTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCAc < 1:1237777/91‑1 (MQ=255) tttATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACg < 1:220967/91‑1 (MQ=255) tttATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACg > 1:3197141/1‑91 (MQ=255) ttATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACga < 1:3515903/91‑1 (MQ=255) tataAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACgat < 1:3513795/91‑1 (MQ=255) atctatCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACgatgat < 1:841369/88‑1 (MQ=255) aaaTATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACgatgat < 1:2957877/91‑1 (MQ=255) atatCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAg < 1:328590/91‑1 (MQ=255) tatCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGc > 1:788963/1‑91 (MQ=255) tatCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGc > 1:788601/1‑91 (MQ=255) tatCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGc < 1:1973748/91‑1 (MQ=255) atCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCt > 1:2040693/1‑91 (MQ=255) tCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCtt < 1:3646372/91‑1 (MQ=255) cACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTc < 1:2204000/91‑1 (MQ=255) aCGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCa > 1:1002856/1‑91 (MQ=255) aCGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCa > 1:106097/1‑91 (MQ=255) cGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCaa < 1:820875/91‑1 (MQ=255) tCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAAttt < 1:806445/91‑1 (MQ=255) cTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATttgttg < 1:301859/91‑1 (MQ=255) cTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATttgttg < 1:301725/91‑1 (MQ=255) tataATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGc < 1:3529725/91‑1 (MQ=255) tataATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGc > 1:1494810/1‑91 (MQ=255) ataATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCt > 1:44484/1‑91 (MQ=255) taATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCtt < 1:4062550/91‑1 (MQ=255) taATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCtt > 1:2940981/1‑91 (MQ=255) taATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCtt > 1:2940796/1‑91 (MQ=255) taATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCtt < 1:4061632/91‑1 (MQ=255) aTTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAg > 1:3431972/1‑91 (MQ=255) aTTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAg > 1:1019294/1‑91 (MQ=255) aTTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAg > 1:302321/1‑91 (MQ=255) gTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATaa > 1:3344054/1‑91 (MQ=255) gTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATaa < 1:654199/91‑1 (MQ=255) tACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAt > 1:1972327/1‑91 (MQ=255) cTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAttt > 1:1326203/1‑91 (MQ=255) ttCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAtttt < 1:641085/91‑1 (MQ=255) tCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAttttt < 1:344034/91‑1 (MQ=255) tCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAttttt < 1:2711015/91‑1 (MQ=255) cAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTc > 1:2555951/1‑91 (MQ=255) cAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTc < 1:639267/91‑1 (MQ=255) cAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTc > 1:1142061/1‑91 (MQ=255) aaCGTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTGTTCa < 1:3271151/91‑1 (MQ=255) aCCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCaa > 1:1975451/1‑91 (MQ=255) aCCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCaa > 1:30983/1‑91 (MQ=255) ccTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCaaa < 1:993538/91‑1 (MQ=255) ccTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCaaa > 1:4051548/1‑91 (MQ=255) tctGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAAt < 1:1538765/91‑1 (MQ=255) tGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCt > 1:525881/1‑91 (MQ=255) aaCTTCAATTGCGATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcat > 1:3253919/1‑91 (MQ=255) aCTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcatc > 1:2586447/1‑91 (MQ=255) aCTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcatc > 1:2561619/1‑91 (MQ=255) aCTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcatc < 1:3874203/91‑1 (MQ=255) cTTCAATTGCGATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcatca > 1:915740/1‑91 (MQ=255) cTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcatca < 1:94649/91‑1 (MQ=255) tCAATTGCGATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATa > 1:3137431/1‑91 (MQ=255) tCAATTGCGATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATa > 1:715970/1‑91 (MQ=255) tCAATTGCGATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATa > 1:556379/1‑91 (MQ=255) cAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATaa < 1:1610103/91‑1 (MQ=255) cAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATaa > 1:130843/1‑91 (MQ=255) aTCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAAt > 1:636776/1‑91 (MQ=255) tCGCAATTGCAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAATc > 1:2092524/1‑91 (MQ=255) tCGCAATTGCAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAATc > 1:2092453/1‑91 (MQ=255) | GTGAAACCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAATC > USA300TCH1516_ALE/2033474‑2033653 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |