Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,033,567 | A→G | 6.3% | L381S (TTG→TCG) | murF_1 ← | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,033,567 | 0 | A | G | 6.3% | 413.2 / 12.2 | 127 | L381S (TTG→TCG) | murF_1 | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/60); new base G (5/3); total (64/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AAACCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAATCCATG > USA300TCH1516_ALE/2033477‑2033657 | aaaCCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCa > 1:2453040/1‑91 (MQ=255) aCCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAt > 1:104136/1‑91 (MQ=255) aCCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAt > 1:2259725/1‑91 (MQ=255) ccTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAtt < 1:773453/91‑1 (MQ=255) ccTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAtt < 1:2813866/91‑1 (MQ=255) ccTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAtt < 1:2733602/91‑1 (MQ=255) ccTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAAtt < 1:3854135/91‑1 (MQ=255) tttATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGa < 1:838676/91‑1 (MQ=255) ttATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATTGCGATTGaa < 1:2116241/91‑1 (MQ=255) ataATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGt > 1:2325306/1‑91 (MQ=255) taATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGtt < 1:2832341/91‑1 (MQ=255) taATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGtt > 1:1084489/1‑91 (MQ=255) taATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGtt < 1:2831995/91‑1 (MQ=255) aTCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGGAATTGAAGttct < 1:3188860/91‑1 (MQ=255) aTCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGAAATTGAAGttct < 1:3189721/91‑1 (MQ=255) ccATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGttcttc > 1:3837107/1‑91 (MQ=255) ccATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGttcttc > 1:278566/1‑91 (MQ=255) cATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTtcttct < 1:3029433/91‑1 (MQ=255) cATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTtcttct < 1:1715250/91‑1 (MQ=255) cATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTtcttct > 1:1079210/1‑91 (MQ=255) gTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTc > 1:3148885/1‑91 (MQ=255) gTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTc > 1:1484895/1‑91 (MQ=255) tCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCg > 1:1774167/1‑91 (MQ=255) tttGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCgtg > 1:3384907/1‑91 (MQ=255) tttGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCgtg > 1:2026185/1‑91 (MQ=255) gCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTAc > 1:1937363/1‑91 (MQ=255) gCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTAc > 1:1935910/1‑91 (MQ=255) gCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGAAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTAc > 1:3872901/1‑91 (MQ=255) ccGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAGCCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCgtgacag < 1:3293393/91‑5 (MQ=255) ccGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCgtgacag < 1:3808428/91‑5 (MQ=255) gTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTg > 1:1715291/1‑91 (MQ=255) ttGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGt < 1:1672000/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGt < 1:1444585/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGt > 1:4037351/1‑91 (MQ=255) ttGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCACGTGTACCTGt > 1:3760408/1‑91 (MQ=255) cTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCAc < 1:1237777/91‑1 (MQ=255) tttATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACg < 1:220967/91‑1 (MQ=255) ttATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACga < 1:3515903/91‑1 (MQ=255) tataAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACgat < 1:3513795/91‑1 (MQ=255) atctatCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACgatgat < 1:841369/88‑1 (MQ=255) aaaTATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACgatgat < 1:2957877/91‑1 (MQ=255) atatCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAg < 1:328590/91‑1 (MQ=255) tatCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGc > 1:788963/1‑91 (MQ=255) tatCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGc > 1:788601/1‑91 (MQ=255) tatCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGc < 1:1973748/91‑1 (MQ=255) atCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCt > 1:2040693/1‑91 (MQ=255) atCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCt < 1:3009965/91‑1 (MQ=255) tCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCtt < 1:3646372/91‑1 (MQ=255) cACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTc < 1:2204000/91‑1 (MQ=255) aCGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCa > 1:1002856/1‑91 (MQ=255) aCGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCa < 1:526441/91‑1 (MQ=255) aCGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCa > 1:106097/1‑91 (MQ=255) cGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCaa < 1:820875/91‑1 (MQ=255) gCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGAAGATAGCTTCAAt < 1:3180888/91‑1 (MQ=255) tCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAAttt < 1:806445/91‑1 (MQ=255) cAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATttg < 1:1652839/91‑1 (MQ=255) cTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATttgttg < 1:301725/91‑1 (MQ=255) tataATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGc < 1:3529725/91‑1 (MQ=255) tataATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGc > 1:1494810/1‑91 (MQ=255) ataATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCt > 1:44484/1‑91 (MQ=255) taATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCtt > 1:2940981/1‑91 (MQ=255) taATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCtt < 1:4062550/91‑1 (MQ=255) aTTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAg > 1:3431972/1‑91 (MQ=255) aTTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAg > 1:1019294/1‑91 (MQ=255) aTTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAg > 1:2242467/1‑91 (MQ=255) aTTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAg > 1:302321/1‑91 (MQ=255) gTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATaa < 1:654199/91‑1 (MQ=255) gTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATaa > 1:3344054/1‑91 (MQ=255) tACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAt > 1:1972327/1‑91 (MQ=255) aCTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAtt > 1:1511478/1‑91 (MQ=255) cTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAttt > 1:1326203/1‑91 (MQ=255) ttCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAtttt < 1:640963/91‑1 (MQ=255) ttCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAtttt < 1:641085/91‑1 (MQ=255) tCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAttttt < 1:2711015/91‑1 (MQ=255) tCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAAttttt < 1:344034/91‑1 (MQ=255) cAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTc > 1:2555951/1‑91 (MQ=255) cAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTc < 1:3937969/91‑1 (MQ=255) cAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTc > 1:1142061/1‑91 (MQ=255) aaCGTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTGTTCa < 1:3271151/91‑1 (MQ=255) aaCATCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCa < 1:3273479/91‑1 (MQ=255) aCCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCaa > 1:30983/1‑91 (MQ=255) ccTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCaaa < 1:993538/91‑1 (MQ=255) ccTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCaaa > 1:4051548/1‑91 (MQ=255) tctGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAAt < 1:1538765/91‑1 (MQ=255) ctGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATc > 1:4053126/1‑91 (MQ=255) tGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCt > 1:525881/1‑91 (MQ=255) aaCTTCAATTGCGATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcat > 1:3253919/1‑91 (MQ=255) aCTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcatc < 1:3874203/91‑1 (MQ=255) aCTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcatc > 1:2586447/1‑91 (MQ=255) cTTGAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcatca < 1:3219294/91‑1 (MQ=255) cTTCAATTGCGATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcatca > 1:915740/1‑91 (MQ=255) cTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGcatca < 1:94649/91‑1 (MQ=255) tCAATTGCGATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATa > 1:556379/1‑91 (MQ=255) cAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATaa > 1:4099988/1‑91 (MQ=255) cAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATaa < 1:1610103/91‑1 (MQ=255) cAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATaa > 1:130843/1‑91 (MQ=255) aTCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAAt > 1:636776/1‑91 (MQ=255) tCGCAATTGCAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAATc > 1:2092453/1‑91 (MQ=255) gCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAATCCa > 1:2415004/1‑91 (MQ=255) gCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAATCCa < 1:2138349/91‑1 (MQ=255) | AAACCTTTATAATCCATAGTCTTTGCCGTTGCTTTATAAATATCACGCTCAACTATAATTGGTACTTCAACCTCTGCTAACTTCAATCGCAATTGAAGTTCTTCTGCTCGTGTACCTGTCACGATGATAGCTTCAATTTGTTGCTTAGATAATTTTTCAAAATCTGCATCATAAATCCATG > USA300TCH1516_ALE/2033477‑2033657 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |