BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	2,042,100	T→A	6.5%	K338N (AAA→AAT)	gatB_2 ←	Aspartyl/glutamyl‑tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	2,042,100	0	T	A	6.5%	533.6 / 22.2	153	K338N (AAA→AAT)	gatB_2	Aspartyl/glutamyl‑tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/77); new base A (2/8); total (68/85)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01

Only 100 of 157 total aligned reads displayed.

ATTTTCTGGTGTTAATTTAGTATCTAATAATTCTACTTGATTTTTATTTAAATATTCGTTTACGCCACCCATTAACCAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAGGT  >  USA300TCH1516_ALE/2042010‑2042187

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      tGGTGTTAATTTAGTATCTAATAATTCTACTTGATTTTTATTTAAATATTCGTTTACGCCACCCATTAACCAGTTAGATGTTAAATTAACa                                                                                   <  1:2630213/91‑1 (MQ=255)

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        gtgtTAATTTAGTATCTAATAATTCTACTTGATTTTTATTTAAATATTCGTTTACGCCACCCATTAACCAGTTAGATGTGAATTTAACATc                                                                                 >  1:3764138/1‑91 (MQ=255)

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                       cTAATAATTCTACTTGATTTTTATTTAAATATTCGTTTACGCCACCCATTAACCAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAAt                                                                  <  1:2047402/91‑1 (MQ=255)

                        taataaTTCTACTTGATTTTTATTTAAATATTCGTTTACGCCACCCATTAACCAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAAtt                                                                 >  1:1681494/1‑91 (MQ=255)

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                                  aCTTGATTTATATTTAAATATTCGTTTACGCCACCCATTAACCAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTCGATTCaa                                                       >  1:2083722/1‑91 (MQ=255)

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                                      gATTTTTATTTAAATATTCGTTTACGCCACCCATTAACCAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGaa                                                   >  1:1884208/1‑91 (MQ=255)

                                      gATTTTTATTTAAATATTCGTTTACGCCACCCATTAACCAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGaa                                                   <  1:3707628/91‑1 (MQ=255)

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                                                         gTTTACGCCACCCATTAACCAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTc                                <  1:1904234/91‑1 (MQ=255)

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                                                                   cccATTAACCAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATa                      >  1:2307530/1‑91 (MQ=255)

                                                                   cccATTAACCAGTTAGAAGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCACAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATa                      >  1:1616554/1‑91 (MQ=255)

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                                                                           ccAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCa              <  1:3483568/91‑1 (MQ=255)

                                                                            cAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCAt             <  1:2911436/91‑1 (MQ=255)

                                                                             aGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATc            >  1:6008/1‑91 (MQ=255)

                                                                                 aGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTAt        <  1:2725608/91‑1 (MQ=255)

                                                                                   aTGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGc      >  1:2245197/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   aTGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGc      <  1:515851/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     gTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAg    >  1:2106597/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     gTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAg    >  1:698463/1‑91 (MQ=255)

                                                                                     gTTAAATTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAg    >  1:1676909/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      ttAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAgg   <  1:105634/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      ttAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAgg   >  1:2271222/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      ttAAATTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAgg   >  1:414927/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       tAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGGTTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAGGt  >  1:3172741/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       tAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCGATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAGGt  >  1:3330046/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       tAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCGATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAGGt  >  1:3329932/1‑91 (MQ=255)

ATTTTCTGGTGTTAATTTAGTATCTAATAATTCTACTTGATTTTTATTTAAATATTCGTTTACGCCACCCATTAACCAGTTAGATGTTAATTTAACATCTGCACCGTGTTCAATTGTTGATTCAAAGAAATCTGACATTTCTTTAGTCAATGTTAATACGTGTGCATCGTATGCAGGT  >  USA300TCH1516_ALE/2042010‑2042187

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`