Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 2,046,840 A→T 5.9% intergenic (+48/+41) putP → / ← USA300HOU_RS10335 Sodium/proline symporter/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE2,046,8400AT 5.9% 410.3 / 13.2 118intergenic (+48/+41)putP/USA300HOU_RS10335Sodium/proline symporter/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (58/53);  new base T (3/4);  total (61/57)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01

Only 100 of 124 total aligned reads displayed.

AACTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTAC  >  USA300TCH1516_ALE/2046750‑2046930
                                                                                          |                                                                                          
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aaCTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTa                                                                                            <  1:14581/91‑1 (MQ=255)
aaCTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTa                                                                                            <  1:1206185/91‑1 (MQ=255)
aaCTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTa                                                                                            >  1:883264/1‑91 (MQ=255)
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  cTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATg                                                                                          >  1:293213/1‑91 (MQ=255)
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                                                                          aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg                  <  1:1763107/91‑1 (MQ=255)
                                                                          aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg                  >  1:1989974/1‑91 (MQ=255)
                                                                          aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg                  >  1:1990565/1‑91 (MQ=255)
                                                                          aaTGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTg                  >  1:2992617/1‑91 (MQ=255)
                                                                             gTTAGTCATAATTTTGATTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCa               >  1:3689525/1‑91 (MQ=37)
                                                                                aaTCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCt            <  1:2750932/91‑1 (MQ=255)
                                                                                  tCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCttt          >  1:1673027/1‑91 (MQ=255)
                                                                                  tCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCttt          >  1:2547451/1‑91 (MQ=255)
                                                                                  tCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCttt          >  1:2571518/1‑91 (MQ=255)
                                                                                    aaaaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTg        >  1:3616975/1‑91 (MQ=255)
                                                                                       aTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCt     >  1:3977667/1‑91 (MQ=255)
                                                                                        ttATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCtt    <  1:2725466/91‑1 (MQ=255)
                                                                                         tATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTa   <  1:854444/91‑1 (MQ=255)
                                                                                         tATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTa   <  1:1707735/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          aTGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTAc  >  1:3163315/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                          
AACTGACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTAC  >  USA300TCH1516_ALE/2046750‑2046930

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: