Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 2,046,844 C→T 6.0% intergenic (+52/+37) putP → / ← USA300HOU_RS10335 Sodium/proline symporter/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE2,046,8440CT 6.0% 396.6 / 10.2 117intergenic (+52/+37)putP/USA300HOU_RS10335Sodium/proline symporter/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (57/53);  new base T (3/4);  total (60/57)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.12e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01

Only 100 of 120 total aligned reads displayed.

GACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTACTAAT  >  USA300TCH1516_ALE/2046754‑2046934
                                                                                          |                                                                                          
gACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGAc                                                                                            >  1:1698533/1‑91 (MQ=255)
 aCTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACt                                                                                           <  1:2415406/91‑1 (MQ=255)
 aCTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACt                                                                                           <  1:2415385/91‑1 (MQ=255)
 aCTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACt                                                                                           >  1:1768084/1‑91 (MQ=255)
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   ttAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTaa                                                                                         >  1:3992064/1‑91 (MQ=255)
   ttAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTaa                                                                                         >  1:3992918/1‑91 (MQ=255)
   ttAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTaa                                                                                         <  1:2439541/91‑1 (MQ=255)
     aaaCAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACa                                                                                       <  1:2916674/91‑1 (MQ=255)
     aaaCAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACa                                                                                       >  1:2068876/1‑91 (MQ=255)
      aaCAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCACAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTATTGTTAATCAAAATTATGACAAACAt                                                                                      >  1:3860786/1‑91 (MQ=255)
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                     aTCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTttatt                                                                       <  1:3678456/91‑1 (MQ=255)
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                                                    aCAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAata                                        <  1:384299/91‑1 (MQ=255)
                                                       taatAAAAAGGTACCAATGTTAGTCATAATTTTGATTAACATTAGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGa                                     >  1:2520247/4‑91 (MQ=14)
                                                       aaTTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGa                                     >  1:3108635/1‑91 (MQ=255)
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                                                                            aaTCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCt                <  1:2750786/91‑1 (MQ=255)
                                                                            aaTCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCt                <  1:2750932/91‑1 (MQ=255)
                                                                            aaTCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCt                <  1:2916122/91‑1 (MQ=255)
                                                                              tCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCttt              >  1:3753724/1‑91 (MQ=255)
                                                                              tCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCttt              >  1:2547451/1‑91 (MQ=255)
                                                                              tCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCttt              >  1:1673027/1‑91 (MQ=255)
                                                                                aaaaTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTg            >  1:3616975/1‑91 (MQ=255)
                                                                                   aTTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCt         >  1:3977667/1‑91 (MQ=255)
                                                                                    ttATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCtt        <  1:2725466/91‑1 (MQ=255)
                                                                                     tATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTa       <  1:854444/91‑1 (MQ=255)
                                                                                     tATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTa       <  1:854686/91‑1 (MQ=255)
                                                                                     tATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTa       <  1:1707735/91‑1 (MQ=255)
                                                                                      aTGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTAc      >  1:3163374/1‑91 (MQ=255)
                                                                                      aTGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTAc      >  1:3163315/1‑91 (MQ=255)
                                                                                         aCTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTACTaa   <  1:2842559/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          cTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTACTAAt  >  1:369171/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          cTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTACTAAt  >  1:369415/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                          
GACTTAAACAAAGTTCGTGACATCGTTAGAGAAAAATAATTCATAAGTCTTAACAAATTAAAAAGGTACTAATGTTAATCAAAATTATGACTAACATTGGTACCTTTTTATTATCTTTAATTTACAATTAATTACTGTAAATATGAACTTGCGGTTCTTTGTCATCTTTTGTCTTACTAAT  >  USA300TCH1516_ALE/2046754‑2046934

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: