Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,050,876 | A→G | 5.0% | L473L (TTA→CTA) | pcrA ← | ATP‑dependent DNA helicase PcrA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,050,876 | 0 | A | G | 5.0% | 389.9 / 7.9 | 119 | L473L (TTA→CTA) | pcrA | ATP‑dependent DNA helicase PcrA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/64); new base G (3/3); total (52/67) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ACTTCGAGATTCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGATAAAATCAGC > USA300TCH1516_ALE/2050787‑2050966 | cTTCGAGATTCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTaaaa < 1:3979466/91‑1 (MQ=255) tCGAGATTCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTACTTCATGAATTTCTAAAAAt < 1:1487671/91‑1 (MQ=255) gagaTTCTAGTGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTTTAGAAATTc < 1:3976037/91‑1 (MQ=255) gagaTTCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTTTAGAAATTc < 1:3980288/91‑1 (MQ=255) gagaTTCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTc > 1:2667556/1‑91 (MQ=255) agaTTCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGCAATACTTCATCAAATATTTCATGAATTTCTAAAGATTCt > 1:3857169/1‑91 (MQ=255) gaTTCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCtt < 1:1704533/91‑1 (MQ=255) aTTCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTg < 1:2517633/91‑1 (MQ=255) ttCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGCCTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGt > 1:2396413/1‑91 (MQ=255) ttCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGt > 1:723771/1‑91 (MQ=255) ttCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGt < 1:2155233/91‑1 (MQ=255) cTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTc > 1:3140744/1‑91 (MQ=255) cTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTc > 1:243786/1‑91 (MQ=255) cTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTc > 1:4026332/1‑91 (MQ=255) cTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTAGTTc > 1:3450760/1‑91 (MQ=255) cTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATCTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTc < 1:3871510/91‑1 (MQ=255) tAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCt < 1:1350345/91‑1 (MQ=255) aTGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCttt > 1:3943048/1‑91 (MQ=255) aTGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCttt > 1:425263/1‑91 (MQ=255) tGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCtttt < 1:1168148/91‑1 (MQ=255) gTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTa < 1:1150415/91‑1 (MQ=255) gTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTa > 1:1741012/1‑91 (MQ=255) aTTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATc < 1:3526936/91‑1 (MQ=255) aTTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATc < 1:3044156/91‑1 (MQ=255) aTTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATc < 1:3043422/91‑1 (MQ=255) cACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCt > 1:104903/1‑91 (MQ=255) aCGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCtt < 1:1761355/91‑1 (MQ=255) cGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCttt > 1:1557847/1‑91 (MQ=255) cGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCttt > 1:4045402/1‑91 (MQ=255) gTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTg < 1:1396370/91‑1 (MQ=255) ttCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTgg > 1:2886528/1‑91 (MQ=255) tCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGa > 1:2832161/1‑91 (MQ=255) ctaGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGAt > 1:3932068/3‑91 (MQ=255) tctcGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGt > 1:3799127/1‑91 (MQ=255) tctcGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGt > 1:3798271/1‑91 (MQ=255) tcGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCACGCTTTGGATTAACTCGTaa > 1:2740354/1‑91 (MQ=255) cGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTaaa > 1:2871616/1‑91 (MQ=255) cGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTaaa > 1:2871024/1‑91 (MQ=255) gATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTaaaa > 1:1351257/1‑91 (MQ=255) tAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAAt > 1:2191872/1‑91 (MQ=255) tAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCAAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAAt < 1:3315392/91‑1 (MQ=255) ccAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTaa < 1:2682782/91‑1 (MQ=255) cAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGCTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAg > 1:320084/1‑91 (MQ=255) aGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGa < 1:4061961/91‑1 (MQ=255) aGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGa < 1:1634909/91‑1 (MQ=255) aGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGa > 1:48559/1‑91 (MQ=255) aCTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGaca < 1:1841078/91‑1 (MQ=255) cTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGacac < 1:2041507/91‑1 (MQ=255) cTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGacac < 1:2041106/91‑1 (MQ=255) cTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGacac > 1:4055550/1‑91 (MQ=255) ttttGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACAct > 1:1083110/1‑91 (MQ=255) tttGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTGTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACActc < 1:3399448/91‑1 (MQ=255) tttGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACActc < 1:1044164/91‑1 (MQ=255) tttGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACActc < 1:3008666/91‑1 (MQ=255) ttGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGacacaag < 1:1260516/91‑4 (MQ=255) ttGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGacacaag < 1:2690059/91‑4 (MQ=255) ttGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACActct < 1:768283/91‑1 (MQ=255) ttGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACActct < 1:766674/91‑1 (MQ=255) ttGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACActct < 1:747368/91‑1 (MQ=255) ttGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACActct < 1:1186227/91‑1 (MQ=255) tGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCtt > 1:1879340/1‑91 (MQ=255) tGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCtt > 1:3137936/1‑91 (MQ=255) gTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTtg > 1:3553993/1‑91 (MQ=255) gTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTtg > 1:3725565/1‑91 (MQ=255) gTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTtg < 1:3792322/91‑1 (MQ=255) gTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTAGCATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTtg > 1:3321475/1‑91 (MQ=255) aaTACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTtgtg < 1:2751258/91‑1 (MQ=255) aaTACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCCTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTtgtg < 1:3294321/91‑1 (MQ=255) aaTACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCCTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTtgtg < 1:3294272/91‑1 (MQ=255) aCTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACACTTGTATCa > 1:3733469/1‑91 (MQ=255) cTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCAc < 1:3837103/91‑1 (MQ=255) cTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCAc < 1:1029302/91‑1 (MQ=255) cTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCAc < 1:2207088/91‑1 (MQ=255) cTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCAc < 1:3836333/91‑1 (MQ=255) cTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCAc < 1:3238813/91‑1 (MQ=255) cTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCAc < 1:2724523/91‑1 (MQ=255) cTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATCCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCAc < 1:1443454/91‑1 (MQ=255) ttCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCAcc > 1:305509/1‑91 (MQ=255) atcaACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCttt < 1:4025305/91‑1 (MQ=255) caACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCttttt < 1:2139331/91‑1 (MQ=255) cTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGa < 1:3739102/91‑1 (MQ=255) cTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGa < 1:3739024/91‑1 (MQ=255) tATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGAc < 1:1188221/91‑1 (MQ=255) ttCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACTCTCTTGTGTCACCTTTTTTCACAAt > 1:3867253/1‑91 (MQ=255) tCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATc < 1:39846/91‑1 (MQ=255) tCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATCAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATc > 1:3544080/1‑91 (MQ=255) cATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATcc < 1:165992/91‑1 (MQ=255) cATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTAGCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATcc < 1:3538183/91‑1 (MQ=255) tGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGa > 1:2311907/1‑91 (MQ=255) tGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGa < 1:2774966/91‑1 (MQ=255) gAATTTTTAGAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGAt > 1:3321329/1‑91 (MQ=255) gAATTTTTAGAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGAt > 1:2271068/1‑91 (MQ=255) gAATTTTTAGAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGAt > 1:2271224/1‑91 (MQ=255) aTTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGATaa < 1:541300/91‑1 (MQ=255) ttCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGATaaaa < 1:2038649/91‑1 (MQ=255) cTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGATAAAATc > 1:1818093/1‑91 (MQ=255) tAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGATAAAATCa > 1:3843985/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGATAAAATCAg < 1:2918139/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGATAAAATCAg > 1:498367/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGATAAAATCAGc > 1:327866/1‑91 (MQ=255) | ACTTCGAGATTCTAATGTATTTTCACGTTCAAGCATTTCTCGATAGCCAGACTTTTGTAATACTTCATCAACTATTTCATGAATTTCTAAAAATTCTTGTTCTTTTATCAAGCTTTGGATTAACTCGTAAAAATTAAGACACTCTTGTGTCACCTTTTTTGACAATCCGATAAAATCAGC > USA300TCH1516_ALE/2050787‑2050966 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |