| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,123,779 | 0 | T | A | 9.9% | 540.2 / 40.0 | 162 | intergenic (‑39/‑94) | USA300HOU_RS10825/lexA_2 | hypothetical protein/LexA repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/67); new base A (5/11); total (84/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
ACTCTTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCGTATTGTCAACATTAAATACGTTTTTTTCGTAAAAAACTTTACTATGATATGAAAATTTCGTATAATAAGAAAAAAGGAGGTAAGT > USA300TCH1516_ALE/2123689‑2123869 | tctTTTTGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAAttt < 1:1504413/91‑1 (MQ=255) ttttGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCg > 1:3810888/1‑91 (MQ=255) ttttGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCg < 1:3952646/91‑1 (MQ=255) ttttGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCg < 1:4042260/91‑1 (MQ=255) ttttGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCg < 1:721435/91‑1 (MQ=255) tttGAGTCAATCCGTAATCAGTCCTCAACTCTTTTAATGTTTTCATGTTGTCACCGCCTTTCGTAAACCTAATATAATACGAAATTTTCGt > 1:1025475/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |