| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,165,416 | A→T | 7.8% | intergenic (‑384/‑94) | tsaE ← / → ilvD | tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE/Dihydroxy‑acid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,165,416 | 0 | A | T | 7.8% | 306.9 / 13.6 | 90 | intergenic (‑384/‑94) | tsaE/ilvD | tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE/Dihydroxy‑acid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/44); new base T (5/2); total (44/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TATACTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCAATAATATTGGGACGTTTTTTTATGTTTTATCTTTCAATTACTTATTTTTATTACTATAAAACATGATTAATCATTAAAATTTACGGGGGAATTT > USA300TCH1516_ALE/2165326‑2165506 | tataCTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCaataa < 1:121021/91‑1 (MQ=255) ataCTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCaataat > 1:3499867/1‑91 (MQ=255) ataCTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCaataat > 1:3500217/1‑91 (MQ=255) aCTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCAAtattat < 1:1876955/91‑1 (MQ=255) aCTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCAATAatat < 1:1516435/91‑1 (MQ=255) aCTCTTTAGGACTCGAACGTTAGTAAATATTTACTAAACGCTTTAAGTCCTATTTCTGTTTGAATGGGACTTGTAAACGTCCCAATAatat > 1:4103406/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |