BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	2,256,968	0	T	A	9.7%	345.3 / 21.9	103	intergenic (‑57/+143)	dps/USA300HOU_RS11555	General stress protein 20U/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/49); new base A (5/5); total (49/54)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01

Only 100 of 125 total aligned reads displayed.

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                                                                             ttaattaTTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTa             <  1:3341459/91‑1 (MQ=255)

                                                                             ttaattaTTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTa             >  1:525610/1‑91 (MQ=255)

                                                                               aattaTTATATTATAATAATTTTAATCGGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTAtt           >  1:2247157/1‑91 (MQ=255)

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                                                                                  tattataataTAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTaa        >  1:1575449/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  tattataataTAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTaa        >  1:1279891/1‑91 (MQ=255)

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                                                                                   attataatatAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTaaa       >  1:1366637/1‑91 (MQ=255)

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                                                                                     tatattataATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATg     >  1:482949/1‑91 (MQ=255)

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                                                                                       tattataATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGcc   <  1:2434582/91‑1 (MQ=255)

CAATTCTTTTACAACATCTTGTTGATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCT  >  USA300TCH1516_ALE/2256879‑2257057

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`