Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,275,551 | A→G | 7.8% | T302A (ACA→GCA) ‡ | mtlR → | Transcriptional regulator MtlR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,275,551 | 0 | A | G | 7.8% | 401.8 / 18.5 | 128 | T302A (ACA→GCA) ‡ | mtlR | Transcriptional regulator MtlR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/51); new base G (4/6); total (71/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GGTCAAATATATGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATACATCATTAAATAATCGTTGTGAAGAAAACAAAATTAAAGCGTTTGTTAACAAAGTAGAAATGATTTCCGGTATGACATTTGCAGATTTGG > USA300TCH1516_ALE/2275461‑2275641 | ggTCAAATATATGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATa < 1:1943357/91‑1 (MQ=255) gTCAAATATATGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATAc < 1:724109/91‑1 (MQ=255) gTCAAATATATGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATAc > 1:2717372/1‑91 (MQ=255) tatatGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATGTATCAtt < 1:1353363/91‑1 (MQ=255) atGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATGTATCATTaag < 1:2913959/91‑2 (MQ=255) atGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATGTATCATTaag < 1:3645197/91‑2 (MQ=255) atGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATGTATCATTaag < 1:125784/91‑2 (MQ=255) atGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATACATCATTaaa < 1:2939136/91‑1 (MQ=255) atGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATACATCATTaaa > 1:3041891/1‑91 (MQ=255) atGACGTCACGTCTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTGCGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATACATCATaaaa > 1:3208093/1‑91 (MQ=255) tGACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATACATCATTAaat < 1:3801082/91‑1 (MQ=255) gACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATACATCATTAaata < 1:795600/91‑1 (MQ=255) gACGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATACATCATTAaata < 1:3221753/91‑1 (MQ=255) aCGTCACGTTTAATCAGGCAGAAATTGCTTTCATTACTATCCATTTACGTGGAGCTAAACGAAAAAATCTTAATGATACATCATTAaataa > 1:3614527/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |