| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 5,784 | A→G | 12.5% | intergenic (+301/‑1187) | cadX → / → USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 5,784 | 0 | A | G | 12.5% | 1193.0 / 133.5 | 433 | intergenic (+301/‑1187) | cadX/USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (230/148); new base G (46/8); total (277/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 449 total aligned reads displayed.
GCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTGAATTA > CP000731/5694‑5874 | GCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCaa > 1:1386906‑M1/1‑91 (MQ=255) attatACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAATAATCCCCACACTACTGCAATAgt < 1:3284621/91‑1 (MQ=255) attatACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAgt > 1:3917062/1‑91 (MQ=255) attatACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAACATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAgt < 1:3814400/91‑1 (MQ=255) ttatACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAgtg > 1:767115/1‑91 (MQ=255) ttatACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAgtg > 1:130334/1‑91 (MQ=255) 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aCTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTggg > 1:838937/1‑91 (MQ=255) tATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGAt < 1:2337310/91‑1 (MQ=255) ttGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTg > 1:1911495/1‑91 (MQ=255) tGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTgg < 1:2223758/91‑1 (MQ=255) ggCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGt > 1:1674090/1‑91 (MQ=255) ggCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGt > 1:3168176/1‑91 (MQ=255) ggCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGt < 1:554210/91‑1 (MQ=255) gCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTg < 1:1648966/91‑1 (MQ=255) cTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGc < 1:1418612/91‑1 (MQ=255) cTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGc > 1:3876629/1‑91 (MQ=255) cTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGc < 1:1108208/91‑1 (MQ=255) tAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCAt < 1:1817428/91‑1 (MQ=255) tAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCAt > 1:1326943/1‑91 (MQ=255) tAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCAt > 1:3581311/1‑91 (MQ=255) tAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCAt < 1:1470844/91‑1 (MQ=255) tAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAAAAGTGTGGGGATTGGTGCAt > 1:1938188/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |