Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 109,970 | T→C | 7.6% | intergenic (+49/‑172) | plc → / → USA300HOU_RS00515 | 1‑phosphatidylinositol phosphodiesterase/putative lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 109,970 | 0 | T | C | 7.6% | 463.3 / 19.2 | 144 | intergenic (+49/‑172) | plc/USA300HOU_RS00515 | 1‑phosphatidylinositol phosphodiesterase/putative lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/45); new base C (6/5); total (94/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATA > USA300TCH1516_ALE/109880‑110060 | tatGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAat > 1:2383496/1‑91 (MQ=255) tatGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAat > 1:2382577/1‑91 (MQ=255) tgatgaTATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAatta > 1:330357/1‑91 (MQ=255) tgatgaTATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAatta > 1:329016/1‑91 (MQ=255) gatgatATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAattat < 1:1824146/91‑1 (MQ=255) atgatATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAattatt > 1:337989/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |