Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,328,872 | G→C | 6.6% | F264L (TTC→TTG) | lacE ← | PTS system lactose‑specific EIICB component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,328,872 | 0 | G | C | 6.6% | 366.2 / 13.2 | 105 | F264L (TTC→TTG) | lacE | PTS system lactose‑specific EIICB component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/48); new base C (3/4); total (53/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TGTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGAATAATGC > USA300TCH1516_ALE/2328782‑2328961 | tGTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTg > 1:2605897/1‑91 (MQ=255) gTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGa < 1:812451/91‑1 (MQ=255) gCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGt > 1:1482327/1‑91 (MQ=255) gCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGt < 1:1560489/91‑1 (MQ=255) gCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGt < 1:2875122/91‑1 (MQ=255) gCACCCGTACCTCCAAAAGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGt < 1:1243217/91‑1 (MQ=255) cACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGt < 1:1749334/91‑1 (MQ=255) cACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGt < 1:2530414/91‑1 (MQ=255) cACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGtt > 1:1331558/1‑91 (MQ=255) aCCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGtt < 1:2478426/91‑1 (MQ=255) ccGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGc < 1:3218922/91‑1 (MQ=255) gTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCtt < 1:3333225/91‑1 (MQ=255) gTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCtt < 1:3333058/91‑1 (MQ=255) tACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTc < 1:461329/91‑1 (MQ=255) tACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTc < 1:2448060/91‑1 (MQ=255) tACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTc < 1:2288833/91‑1 (MQ=255) aCCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGCGAACTTCAAGTT‑GCTTca < 1:1622864/91‑2 (MQ=255) ccTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGa < 1:3025461/91‑1 (MQ=255) ccTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGa < 1:935129/91‑1 (MQ=255) ccTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGa < 1:3710236/91‑1 (MQ=255) ccTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGa < 1:3955976/91‑1 (MQ=255) cTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGat > 1:3493257/1‑91 (MQ=255) cTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGat > 1:3494932/1‑91 (MQ=255) cTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGat > 1:3495677/1‑91 (MQ=255) ccAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGatat < 1:189866/91‑1 (MQ=255) cAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATAtt < 1:1500445/91‑1 (MQ=255) aaTGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCg > 1:1519412/1‑91 (MQ=255) tAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCata > 1:1977837/1‑91 (MQ=255) tAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCata > 1:2598941/1‑91 (MQ=255) aaCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCatat > 1:2439148/1‑91 (MQ=255) aCGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATg < 1:815806/91‑1 (MQ=255) cGATAAATATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGt < 1:2071305/91‑1 (MQ=255) cGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGt > 1:3838535/1‑91 (MQ=255) cGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGt < 1:1164485/91‑1 (MQ=255) cGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGt > 1:2039372/1‑91 (MQ=255) aTAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTaa < 1:3290596/91‑1 (MQ=255) aTAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTaa < 1:3670293/91‑1 (MQ=255) aTAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTaa < 1:3670377/91‑1 (MQ=255) tttGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGc > 1:646619/1‑91 (MQ=255) tttGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGc < 1:3897471/91‑1 (MQ=255) gtgtACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAAt < 1:3411443/91‑1 (MQ=255) tgtACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAAtt > 1:309635/1‑91 (MQ=255) gtACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTg < 1:1951693/91‑1 (MQ=255) tACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGc < 1:388677/91‑1 (MQ=255) aCCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCt < 1:3827202/91‑1 (MQ=255) ccTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTg > 1:793895/1‑91 (MQ=255) tGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGc < 1:3691088/91‑1 (MQ=255) tGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGc < 1:3423334/91‑1 (MQ=255) tGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGc < 1:2504052/91‑1 (MQ=255) tGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGc < 1:1050545/91‑1 (MQ=255) gATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGct > 1:3415102/1‑91 (MQ=255) gATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGct > 1:1766868/1‑91 (MQ=255) gATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGct > 1:2833778/1‑91 (MQ=255) tGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGctct < 1:1355634/91‑1 (MQ=255) taataaTTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTAc > 1:2654728/1‑91 (MQ=255) taataaTTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTAc > 1:1818772/1‑91 (MQ=255) aataatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACa > 1:2974491/1‑91 (MQ=255) aataatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACa > 1:2974699/1‑91 (MQ=255) aataatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACa > 1:2974477/1‑91 (MQ=255) aataatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACa < 1:777559/91‑1 (MQ=255) aataatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACa > 1:2973919/1‑91 (MQ=255) taatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAAt > 1:3742748/1‑91 (MQ=255) taatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAAt < 1:1746090/91‑1 (MQ=255) aatTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAAtt > 1:2102316/1‑91 (MQ=255) atTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTg > 1:2822567/1‑91 (MQ=255) ttttATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCACTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGa < 1:548849/91‑1 (MQ=255) tttATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGAc > 1:1747625/1‑91 (MQ=255) tttATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGAc > 1:893952/1‑91 (MQ=255) tttATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGAc > 1:1747585/1‑91 (MQ=255) tttATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGAc > 1:1747304/1‑91 (MQ=255) ttATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACg < 1:3674011/91‑1 (MQ=255) tATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACgg < 1:1563905/91‑1 (MQ=255) aTCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGa > 1:1833857/1‑91 (MQ=255) aTCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGa > 1:650223/1‑91 (MQ=255) cTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGAcc > 1:1706783/1‑91 (MQ=255) cTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGAcc > 1:421107/1‑91 (MQ=255) gtTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAAt < 1:2055316/91‑1 (MQ=255) gtTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAAt < 1:2055042/91‑1 (MQ=255) ttCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATa > 1:3996277/1‑91 (MQ=255) ttCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATa > 1:4045329/1‑91 (MQ=255) tctcCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATAc > 1:813844/1‑91 (MQ=255) tctcCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATAc > 1:1171340/1‑91 (MQ=255) ctcCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATAcc < 1:3054143/91‑1 (MQ=255) ctcCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATAcc < 1:3052320/91‑1 (MQ=255) ctcCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATAcc > 1:3946453/1‑91 (MQ=255) ctcCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATAcc < 1:3053359/91‑1 (MQ=255) ccAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTa > 1:2931726/1‑91 (MQ=255) ccAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTa > 1:1840707/1‑91 (MQ=255) ccAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTa > 1:2931897/1‑91 (MQ=255) cTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACaaa > 1:1609015/1‑91 (MQ=255) gC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaa < 1:3133600/91‑1 (MQ=255) c‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaat > 1:652774/1‑91 (MQ=255) c‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaat > 1:2735245/1‑91 (MQ=255) gaaCTTCAAGTT‑GCTTCGATATTCGCATATGTCATGGCTGCAATTGCAGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAACCCAGataa > 1:2015158/2‑88 (MQ=255) aaCTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaata > 1:1170608/1‑91 (MQ=255) aaCTTCAAGTT‑GCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGaataa > 1:2481253/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGAATAATg < 1:2424696/91‑1 (MQ=255) ttGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGAATAATg < 1:2769288/91‑1 (MQ=255) tGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGAATAATGc > 1:3326153/1‑91 (MQ=255) tGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGAATAATGc < 1:677413/91‑1 (MQ=255) | TGTTGCACCCGTACCTCCAAATGTAACGATAAACATTTGTGTACCTGATGTAATAATTTTATCTGCGTGTTCTCCAGCTTGAAGC‑AACTTGAAGTTCGCTTCGATATTCGCATATGTAATGGCTGCAATTGCTGGCTCTACAATTGACGGACCATGAATACCTACAAACCAGAATAATGC > USA300TCH1516_ALE/2328782‑2328961 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |