| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,378,334 | T→G | 5.4% | intergenic (+193/+226) | glcU_2 → / ← USA300HOU_RS12220 | putative glucose uptake protein GlcU/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,378,334 | 0 | T | G | 5.4% | 400.6 / 10.2 | 114 | intergenic (+193/+226) | glcU_2/USA300HOU_RS12220 | putative glucose uptake protein GlcU/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/55); new base G (5/2); total (57/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTCCTCTATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTAGCGATACTTTTAAAATCTTGATGATATTCATATATCAAGTATGCGCCATACATATGAAGTGGATAGCTGCATAACGCACTGCATTATC > USA300TCH1516_ALE/2378244‑2378424 | ttCCTCTATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAAt < 1:478171/91‑1 (MQ=255) tCCTCTATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAAtt < 1:3432402/91‑1 (MQ=255) tCCTCTATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAAtt < 1:1982628/91‑1 (MQ=255) ccTCTATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTa > 1:2793487/1‑91 (MQ=255) ccTCTATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTa > 1:842260/1‑91 (MQ=255) ccTCTATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTa > 1:1003776/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |