| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,378,337 | G→T | 6.4% | intergenic (+196/+223) | glcU_2 → / ← USA300HOU_RS12220 | putative glucose uptake protein GlcU/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,378,337 | 0 | G | T | 6.4% | 386.5 / 11.7 | 110 | intergenic (+196/+223) | glcU_2/USA300HOU_RS12220 | putative glucose uptake protein GlcU/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/54); new base T (5/3); total (53/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CTCTATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTAGCGATACTTTTAAAATCTTGATGATATTCATATATCAAGTATGCGCCATACATATGAAGTGGATAGCTGCATAACGCACTGCATTATCAA > USA300TCH1516_ALE/2378247‑2378426 | ctctATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATATCACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTAg > 1:4153299/1‑91 (MQ=255)ctctATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTAg < 1:137338/91‑1 (MQ=255)ctctATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTAg < 1:141646/91‑1 (MQ=255) tctATATGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTAGc < 1:1751371/91‑1 (MQ=255) tataTGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTAGCGa < 1:3261788/91‑1 (MQ=255) atatGTCCTAGGAAATACGTGGCTCTAAAAACAAAACGCAATAACACATCATGACATTAATCATGCGTTTTAAGACTTTAAAATTAGCGAt > 1:3381210/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |