| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,424,608 | A→G | 8.1% | intergenic (‑166/+62) | USA300HOU_RS12490 ← / ← USA300HOU_RS12495 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,424,608 | 0 | A | G | 8.1% | 388.4 / 18.9 | 124 | intergenic (‑166/+62) | USA300HOU_RS12490/USA300HOU_RS12495 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/67); new base G (8/2); total (55/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CCTGTCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACAAAAATTAAAAAAAGTGCTCCTACACTGCTTGCATGTAGAAACACTTTTTCATTGTAATGTTATTCTTCTCGAGACATACCTTTTAGCA > USA300TCH1516_ALE/2424518‑2424698 | ccTGTCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTCTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTa > 1:3599826/1‑91 (MQ=255) cTGTCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTAc < 1:3914682/91‑1 (MQ=255) tCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGATTTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaa < 1:4044036/91‑1 (MQ=255) cGATGATTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaaaa < 1:2238558/91‑1 (MQ=255) gatgatTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaaaaa > 1:590914/1‑91 (MQ=255) gatgatTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaaaaa < 1:3088112/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |