Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,424,609 | C→T | 7.9% | intergenic (‑167/+61) | USA300HOU_RS12490 ← / ← USA300HOU_RS12495 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,424,609 | 0 | C | T | 7.9% | 401.4 / 18.1 | 126 | intergenic (‑167/+61) | USA300HOU_RS12490/USA300HOU_RS12495 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/69); new base T (8/2); total (55/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CTGTCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACAAAAATTAAAAAAAGTGCTCCTACACTGCTTGCATGTAGAAACACTTTTTCATTGTAATGTTATTCTTCTCGAGACATACCTTTTAGCAT > USA300TCH1516_ALE/2424519‑2424699 | cTGTCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTAc < 1:3914682/91‑1 (MQ=255) tCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGATTTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaa < 1:4044036/91‑1 (MQ=255) cGATGATTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaaaa < 1:2238558/91‑1 (MQ=255) gatgatTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaaaaa > 1:2395822/1‑91 (MQ=255) gatgatTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaaaaa > 1:1549575/1‑91 (MQ=255) gatgatTGATTCACAATAGCACGTGA‑TTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaaaaa < 1:2138985/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |