Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,432,246 | A→G | 5.7% | intergenic (+593/+54) | birA_2 → / ← USA300HOU_RS12525 | Bifunctional ligase/repressor BirA/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,432,246 | 0 | A | G | 5.7% | 348.1 / 8.2 | 105 | intergenic (+593/+54) | birA_2/USA300HOU_RS12525 | Bifunctional ligase/repressor BirA/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/59); new base G (3/3); total (43/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
ATCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACCTCTTTATCTACGCATAAATACTTATTACTGATATAACGAAAGAA > USA300TCH1516_ALE/2432157‑2432336 | aTCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaattaa < 1:3651805/91‑1 (MQ=255) cTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAg < 1:251557/91‑1 (MQ=255) aaTACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGaa < 1:2407192/91‑1 (MQ=255) aTACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTATTAGaaa < 1:3229575/91‑1 (MQ=255) tACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAt < 1:253990/91‑1 (MQ=25) aCTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATc > 1:2027833/1‑91 (MQ=255) 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ataaAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACctct > 1:449219/1‑91 (MQ=255) ataaAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACctct > 1:1548827/1‑91 (MQ=255) taaAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACCTCtt < 1:3659627/91‑1 (MQ=255) aaaaTGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACCTCttt > 1:468105/1‑91 (MQ=255) aaaaTGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACCTCttt > 1:468746/1‑91 (MQ=255) aaaaTGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACCTCttt > 1:469053/1‑91 (MQ=255) aaTGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACCTCTTTAt < 1:3230499/91‑1 (MQ=255) aaTGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACCTCTTTAt < 1:3230551/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |