| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,454,626 | A→T | 44.3% | L48L (CTA→CTT) | lyrA → | Lysostaphin resistance protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,454,626 | 0 | A | T | 44.3% | 40.1 / 161.6 | 106 | L48L (CTA→CTT) | lyrA | Lysostaphin resistance protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/24); new base T (22/25); total (57/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAA > USA300TCH1516_ALE/2454538‑2454716 | ttGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGc < 1:3420234/91‑1 (MQ=255)ttGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGc < 1:1731718/91‑1 (MQ=255) gTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCAc < 1:2394954/91‑1 (MQ=255) gTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCAc < 1:2394849/91‑1 (MQ=255) gTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCAc > 1:3710730/1‑91 (MQ=255) tCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCAcc > 1:1204596/1‑91 (MQ=255) 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ttACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑act > 1:523788/1‑89 (MQ=255) ttACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑Att > 1:523890/1‑91 (MQ=255) tACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTa > 1:659458/1‑91 (MQ=255) tACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTa > 1:660260/1‑91 (MQ=255) tACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTa > 1:660304/1‑91 (MQ=255) cAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAAt < 1:326768/91‑1 (MQ=255) ggCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTAATtgct < 1:2072778/91‑1 (MQ=255) ggCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGGCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCAGCAATTAAtggt < 1:2033005/91‑4 (MQ=255) 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tCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCa > 1:1879155/1‑91 (MQ=255) tCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCa > 1:2645200/1‑91 (MQ=255) aTTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCAttt > 1:2637477/1‑91 (MQ=255) ttATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTg > 1:1945480/1‑91 (MQ=255) aTGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGta < 1:2424672/91‑1 (MQ=255) gCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGtata < 1:3756726/91‑1 (MQ=255) gCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGtata > 1:1338067/1‑91 (MQ=255) gCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGtata > 1:1337493/1‑91 (MQ=255) cTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATAc < 1:1949904/91‑1 (MQ=255) tCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACt < 1:2554760/91‑1 (MQ=255) cAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc < 1:622127/91‑1 (MQ=255) cAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc > 1:809100/1‑91 (MQ=255) cAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc > 1:3643741/1‑91 (MQ=255) cAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc < 1:3694221/91‑1 (MQ=255) cAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGCTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAACCATTTGTATACTc > 1:4145778/1‑91 (MQ=255) agagATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCg < 1:522561/91‑1 (MQ=255) 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ccAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCaaa > 1:2803116/1‑91 (MQ=255) ccAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCaaa > 1:1546771/1‑91 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAat > 1:128133/1‑91 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAat > 1:80638/1‑91 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTATCACC‑ATTACTTGCTGCAATCTTTTGTATACTCGTTTTCAAat > 1:1255523/1‑91 (MQ=255) taaaataATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGGAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATGCTCGTTTTCAAatat < 1:3543072/87‑1 (MQ=255) gTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAatat < 1:2583292/91‑1 (MQ=255) gTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAatat > 1:1765681/1‑91 (MQ=255) 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aaGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATtctc < 1:3317628/91‑1 (MQ=255) gTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCaa < 1:2387853/91‑1 (MQ=255) ttACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAAt < 1:679237/91‑1 (MQ=255) ttACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAAt > 1:2545555/1‑91 (MQ=255) tACAGATCTTGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAACCGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATc > 1:1235588/1‑91 (MQ=255) aGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGaaa < 1:3057100/91‑1 (MQ=255) | TTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACC‑ATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAA > USA300TCH1516_ALE/2454538‑2454716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |