Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,530,786 | A→G | 11.1% | intergenic (‑37/+236) | yefM ← / ← bdbD | Antitoxin YefM/Disulfide bond formation protein D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,530,786 | 0 | A | G | 11.1% | 308.1 / 24.1 | 108 | intergenic (‑37/+236) | yefM/bdbD | Antitoxin YefM/Disulfide bond formation protein D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/45); new base G (4/8); total (55/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TGTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAATATCTGTACAATAAAACAAGCGACACAGAAAAAAACTACTAATCAAGATTTCGCACGGGGAAGAATCAATACCTATCCTGTACTGATTC > USA300TCH1516_ALE/2530696‑2530876 | tGTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACaa < 1:80874/91‑1 (MQ=255) tGTCATAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACaa < 1:1417711/91‑1 (MQ=255) tAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAATATc < 1:1662400/91‑1 (MQ=255) tAAGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAATATc < 1:2945896/91‑1 (MQ=255) aaGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAATATCt < 1:3736794/91‑1 (MQ=255) aaGTGCCTTTAAATTCTGTCGAGCGTATGAATAATTTTTAATAATCATATTTATCGCCTCCTTTTAACACACCTCAATTGTACAAATATCt > 1:1982401/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |