| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,600,629 | T→A | 5.9% | intergenic (‑41/+826) | dapF ← / ← USA300HOU_RS13395 | Diaminopimelate epimerase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,600,629 | 0 | T | A | 5.9% | 291.6 / 8.0 | 84 | intergenic (‑41/+826) | dapF/USA300HOU_RS13395 | Diaminopimelate epimerase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/25); new base A (2/3); total (56/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
ATATTCCCCGAAGGATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCT > USA300TCH1516_ALE/2600539‑2600719 | atatTCCCCGAAGGATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAAttt < 1:1630910/91‑1 (MQ=255) tatTCCCCGAAGGATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAAtttt > 1:511296/1‑91 (MQ=255) tatTCCCCGAAGGATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAAtttt > 1:808442/1‑91 (MQ=255) ccGAAGGATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTAc < 1:1158282/91‑1 (MQ=255) ccGAAGGATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTAc < 1:3811047/91‑1 (MQ=255) ccGAAGGATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTAc < 1:282832/91‑1 (MQ=255) aaGGATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCTAGTAATTAAAATTAcag < 1:3014363/91‑3 (MQ=38) aaGGATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTag < 1:1414598/91‑1 (MQ=255) ggATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTagag < 1:3741044/91‑1 (MQ=255) gATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCTAGTAATTAAAATTAC‑AGAgg < 1:155293/91‑1 (MQ=37) ttATACTTAGATAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGct < 1:3763611/91‑1 (MQ=255) ttATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGct > 1:4020659/1‑91 (MQ=255) ttATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGct > 1:4021208/1‑91 (MQ=255) tataCTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGctc > 1:661668/1‑91 (MQ=255) tataCTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGctc < 1:1373982/91‑1 (MQ=255) ataCTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCTAGTAATTAAAATTAC‑AGAGGctct < 1:3616487/91‑1 (MQ=25) ataCTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGctct < 1:2292376/91‑1 (MQ=255) ataCTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGctct > 1:984495/1‑91 (MQ=255) ataCTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGACTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGctct < 1:987817/91‑1 (MQ=255) taCTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCtt > 1:1333478/1‑91 (MQ=255) aCTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTa > 1:1312470/1‑91 (MQ=255) tAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGc > 1:180170/1‑91 (MQ=255) tAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGc > 1:2293538/1‑91 (MQ=255) gAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAg > 1:3119359/1‑91 (MQ=255) gAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAg > 1:618500/1‑91 (MQ=255) gAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAg > 1:618467/1‑91 (MQ=255) gAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAg > 1:897184/1‑91 (MQ=255) aaaTTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAgtt > 1:71663/1‑91 (MQ=255) aaTTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAgttg > 1:39126/1‑91 (MQ=255) aTTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAgttgt > 1:3513419/1‑91 (MQ=255) tCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGttgttg > 1:758334/1‑91 (MQ=255) cTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGc > 1:2744839/1‑91 (MQ=255) cTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGc > 1:807904/1‑91 (MQ=255) ataACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAgttgtttgct < 1:1195910/91‑5 (MQ=255) ataACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAgttgtttgct < 1:3192970/91‑5 (MQ=255) ataACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGa > 1:2768277/1‑91 (MQ=255) ataACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGa < 1:3713334/91‑1 (MQ=255) ataACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGa < 1:423895/91‑1 (MQ=255) taACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGaa > 1:979408/1‑91 (MQ=255) taACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATCTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGaa > 1:3787064/1‑91 (MQ=255) taACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATCTATATTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGaa > 1:3306752/1‑91 (MQ=255) taACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATCTATATTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGaa > 1:3306753/1‑91 (MQ=255) aCCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGc > 1:3368342/1‑91 (MQ=255) cTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCaa < 1:568836/91‑1 (MQ=255) tGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCaaa > 1:3383138/1‑91 (MQ=255) tGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCaaa > 1:3383429/1‑91 (MQ=255) tGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCaaa > 1:3385713/1‑91 (MQ=255) gCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAaac > 1:3918368/1‑91 (MQ=255) gCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAaac > 1:3918868/1‑91 (MQ=255) gCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAaac < 1:2544183/91‑1 (MQ=255) ccGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGATCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAaaca > 1:3482844/1‑91 (MQ=255) aTTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACt > 1:466495/1‑91 (MQ=255) cATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTa > 1:3676651/1‑91 (MQ=255) cATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTa > 1:1897254/1‑91 (MQ=255) aTACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTAt > 1:3586881/1‑91 (MQ=255) aTACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTAt > 1:3095303/1‑91 (MQ=255) cGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTcc < 1:751400/91‑1 (MQ=255) gACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCct > 1:224037/1‑91 (MQ=255) gACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCct > 1:2209836/1‑91 (MQ=255) gACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCct > 1:2208242/1‑91 (MQ=255) gACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCct > 1:2953793/1‑91 (MQ=255) tCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTaaa > 1:2876558/1‑91 (MQ=255) tttAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCt < 1:266342/91‑1 (MQ=255) tttAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCt > 1:2120959/1‑91 (MQ=255) tttAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCt > 1:1324738/1‑91 (MQ=255) tttAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCt < 1:3693636/91‑1 (MQ=255) tAGATGTATTTTTAGAGCTTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGt > 1:2801558/1‑91 (MQ=255) gATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTaa > 1:36764/1‑91 (MQ=255) gATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTaa > 1:3080679/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAAttttt > 1:527057/1‑91 (MQ=255) tttttAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGATGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTTAACCTGTAAtttttt < 1:3533030/91‑1 (MQ=255) tttAGAGTCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTag < 1:2072238/91‑1 (MQ=255) tttAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTag < 1:957372/91‑1 (MQ=255) tttAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTag < 1:834359/91‑1 (MQ=255) tttAGAGCCACT‑GTAAGTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTAGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATGTTTTag < 1:3620876/91‑1 (MQ=21) gagCCTGT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTagaaga > 1:3232209/1‑91 (MQ=255) gagCCTGT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTagaaga > 1:3232357/1‑91 (MQ=255) gagCCTAT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTagaaga > 1:3232208/1‑91 (MQ=255) agCCTCTAGTAATTAAAATTAC‑AGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGAt > 1:871228/1‑91 (MQ=17) agCCTCTAGTAATTAAAATTAC‑AGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGAt > 1:871243/1‑91 (MQ=17) agCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGAt > 1:3757715/1‑91 (MQ=255) ccTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGa > 1:2023772/1‑91 (MQ=255) tct‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAAc > 1:3446565/1‑91 (MQ=255) t‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCt < 1:2007075/91‑1 (MQ=255) t‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCt > 1:493858/1‑91 (MQ=255) tAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTaa < 1:858219/91‑1 (MQ=255) aTTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCACACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATa > 1:3600778/1‑91 (MQ=255) ttttAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCtagtag < 1:799287/91‑1 (MQ=255) ttttAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAg < 1:1519126/91‑1 (MQ=255) tttAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGc < 1:3151163/91‑1 (MQ=255) ttAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGct > 1:3183388/1‑91 (MQ=255) ttAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGct < 1:2766482/91‑1 (MQ=255) | ATATTCCCCGAAGGATTATACTTAGAAAATTCTATAACCTGCCGATTCATACGACACTCCTTTAGATGTATTTTTAGAGCCTCT‑GTAATTTTAATTACTAGAGGCTCTTATGCAGTTGTTGCGAAGCAAACAACTGTATTCCTCTAAACCTGTAATTTTTTAGAAGATGAACCTAATAGCT > USA300TCH1516_ALE/2600539‑2600719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |