| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,608,825 | A→T | 11.7% | intergenic (+106/+154) | USA300TCH1516_02485 → / ← USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,608,825 | 0 | A | T | 11.7% | 346.4 / 31.8 | 111 | intergenic (+106/+154) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/52); new base T (9/4); total (55/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGG > USA300TCH1516_ALE/2608736‑2608914 | tataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAg < 1:2509295/91‑1 (MQ=255)tataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAg > 1:3972784/1‑91 (MQ=255)tataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAg > 1:3972657/1‑91 (MQ=255) ataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAgg < 1:1093717/91‑1 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGa < 1:1336120/91‑1 (MQ=255) aGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACGTCCTATATTGGat < 1:2746375/91‑2 (MQ=255) 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tttATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGt > 1:46041/1‑91 (MQ=255) tttATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGt > 1:2110779/1‑91 (MQ=255) tataTGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTc < 1:862471/91‑1 (MQ=255) tatGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTGTGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCa < 1:1127975/91‑1 (MQ=255) tatGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCa < 1:203748/91‑1 (MQ=255) atGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAg < 1:3184780/91‑1 (MQ=255) atGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAg < 1:3618270/91‑1 (MQ=255) tGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGa < 1:4005994/91‑1 (MQ=255) 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aTCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAggg < 1:2588491/91‑1 (MQ=255) aTCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAggg > 1:2880261/1‑91 (MQ=255) aTCGTTTTAAAAATAATATAAGGATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAggg < 1:2444050/91‑1 (MQ=255) tCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGt < 1:717658/91‑1 (MQ=255) tCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGt < 1:718099/91‑1 (MQ=255) cGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGtt > 1:765371/1‑91 (MQ=255) tttAAAAATAATATAAGCATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTAc > 1:362419/1‑91 (MQ=255) ttAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGATAGGGTTTACt > 1:2598640/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACtta < 1:1363560/91‑1 (MQ=255) aaaTAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACttaat < 1:1106755/91‑1 (MQ=255) aaaTAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACttaat < 1:1962257/91‑1 (MQ=255) aataatATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACttaatt > 1:1791942/1‑91 (MQ=255) aataatATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTATACttaatt > 1:3965979/1‑91 (MQ=255) taataTAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACttaattaa > 1:3677921/1‑91 (MQ=255) taataTAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACttaattaa < 1:145266/91‑1 (MQ=255) taataTAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACttaattaa > 1:3249516/1‑91 (MQ=255) aataTAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTaaa > 1:2164393/1‑91 (MQ=255) aataTAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTaaa < 1:2377064/91‑1 (MQ=255) atatAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAg < 1:2152107/91‑1 (MQ=255) ataAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAggg < 1:3115087/91‑1 (MQ=255) ataAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAggg < 1:3112915/91‑1 (MQ=255) aaGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGt > 1:1706727/1‑91 (MQ=255) aaGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGt > 1:1884343/1‑91 (MQ=255) aGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGTTTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTc < 1:3494599/91‑1 (MQ=255) 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tatatTGGATGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAAc > 1:911725/2‑91 (MQ=255) atatAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACg < 1:3929774/91‑1 (MQ=255) atatAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACg < 1:2133845/91‑1 (MQ=255) atatAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACg < 1:3781184/91‑1 (MQ=255) tataGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGa < 1:659342/91‑1 (MQ=255) taGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAgg < 1:2014552/91‑1 (MQ=255) | TATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACT‑AAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGG > USA300TCH1516_ALE/2608736‑2608914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |