Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,668,296 | A→C | 5.3% | intergenic (‑105/‑446) | USA300HOU_RS13735 ← / → USA300TCH1516_02539 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,668,296 | 0 | A | C | 5.3% | 398.7 / 11.8 | 113 | intergenic (‑105/‑446) | USA300HOU_RS13735/USA300TCH1516_02539 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/63); new base C (3/3); total (47/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TCTCTATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAATATTTGATATTTGTGAAAGATTTTTAAAATGGATTGTTTCAAAAACTACTTATGTTGTCGTTAATATTTACTAATTAACTTT > USA300TCH1516_ALE/2668206‑2668385 | tctctATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAATCATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTGTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTa > 1:3683043/1‑91 (MQ=255) tctctATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAACCATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTCTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTa > 1:3684234/1‑91 (MQ=255) tctctATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTa > 1:2970773/1‑91 (MQ=255) tctctATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTa > 1:658166/1‑91 (MQ=255) tctATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAg < 1:1352074/91‑1 (MQ=255) tctACGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAg < 1:3455917/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |