Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,668,298 | G→C | 5.3% | intergenic (‑107/‑444) | USA300HOU_RS13735 ← / → USA300TCH1516_02539 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,668,298 | 0 | G | C | 5.3% | 399.9 / 8.7 | 112 | intergenic (‑107/‑444) | USA300HOU_RS13735/USA300TCH1516_02539 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/61); new base C (3/3); total (48/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TCTATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAATATTTGATATTTGTGAAAGATTTTTAAAATGGATTGTTTCAAAAACTACTTATGTTGTCGTTAATATTTACTAATTAACTTTTT > USA300TCH1516_ALE/2668208‑2668387 | tctATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAg < 1:1352074/91‑1 (MQ=255) tctACGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAg < 1:3455917/91‑1 (MQ=255) aTGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGa < 1:3651373/91‑1 (MQ=255) attttattttCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTCACTTAAatatt < 1:3700172/91‑1 (MQ=255) ttttattttCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAatattt < 1:18808/91‑1 (MQ=255) tttattttCAGACCATAAACATCGTGCACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAatatttg < 1:3857631/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |