| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,744,200 | G→A | 9.7% | intergenic (+137/+56) | fda → / ← mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,744,200 | 0 | G | A | 9.7% | 384.0 / 23.4 | 123 | intergenic (+137/+56) | fda/mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/50); new base A (7/5); total (68/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ATACATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATTTAGTTTTCGTAGTAACCTAATTCTAAGTCTTTTG > USA300TCH1516_ALE/2744110‑2744290 | aTACATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAg > 1:2551705/1‑91 (MQ=255) tACATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAAATCGGACAg > 1:2420950/1‑91 (MQ=255) tACATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAAATCGGACAg > 1:2421678/1‑91 (MQ=255) aCATGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAGCt < 1:3334238/91‑1 (MQ=255) aTGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAGCTGa < 1:4025167/91‑1 (MQ=255) tgtgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGT‑AAAAAAATCGGACAGCTGaa > 1:1152301/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |