| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,744,213 | 0 | T | A | 15.3% | 375.7 / 52.6 | 124 | intergenic (+150/+43) | fda/mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/44); new base A (14/5); total (75/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATTTAGTTTTCGTAGTAACCTAATTCTAAGTCTTTTGAAGTTTGTTTACG > USA300TCH1516_ALE/2744124‑2744303 | aGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGCTTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTaa > 1:552983/1‑91 (MQ=255) aGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTaa < 1:3526810/91‑1 (MQ=255) cATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGAt > 1:1316549/1‑91 (MQ=255) cATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTACCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGAt > 1:3508402/1‑91 (MQ=255) tgtgTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTtc > 1:1785681/1‑91 (MQ=255) tgtgTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTtc < 1:1436572/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |