| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,817,612 | G→A | 5.4% | R239R (CGC→CGT) | sraP ← | Serine‑rich adhesin for platelets |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,817,612 | 0 | G | A | 5.4% | 303.4 / 5.5 | 92 | R239R (CGC→CGT) | sraP | Serine‑rich adhesin for platelets |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/48); new base A (3/2); total (42/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
ATATTGTTTTAAGTTATCTTTATTAACTGTAATTGTATTAGCAGTTACTGCGGTTGTCGTCGCTGCTGACGCAAATGTTGACATAGCTAAGCGACTGAAAGTTCGAAGTTTTACTGGTGCGGTGCTAGTTGACGTTGTGCTAGTTTTGTTTAAGTTGACCGAAGATGGCGTTGTGCTTTGT > USA300TCH1516_ALE/2817522‑2817702 | atatTGTTTTAAGTTATCTTTATTAACTGTAATTGTATTAGCAGTTACTGCGGTTGTCGTCGCTGCTGACGCAAATGTTGACATAGCTAAg < 1:1038199/91‑1 (MQ=255)atatTGTTTTAAGTTATCTTTATTAACTGTAATTGTATTAGCAGTTACTGCGGTTGTCGTCGCTGCTGACGCAAATGTTGACATAGCTAAg < 1:1443553/91‑1 (MQ=255) atTGTTTTAAGTTATCTTTATTAACTGTAATTGTATTAGCAGTTACTGCGGTTGTCGTCGCTGCTGACGCAAATGTTGACATAGCTAAGCg > 1:3615981/1‑91 (MQ=255) atTGTTTTAAGTTATCTTTATTAACTGTAATTGTATTAGCAGTTACTGCGGTTGTCGTCGCTGCTGACGCAAATGTTGACATAGCTAAGCg > 1:2339897/1‑91 (MQ=255) atTGTTTTAAGTTATCTTTATTAACTGTAATTGTATTAGCAGTTACTGCGGTTGTCGTCGCTGCTGACGCAAATGTTGACATAGCTAAGCg > 1:2339802/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTAAGTTATCTTTATTAACTGTAATTGTATTAGCAGTTACTGCGGTTGTCGTCGCTGCTGACGCAAATGTTGACATAGCTAAGCGa > 1:3990243/1‑91 (MQ=255) 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gCGACTGAAAGTTCGAAGTTTTACTGGTGCGGTGCTAGTTGACGTTGTGCTAGTTTTGTTTAAGTTGACCGAAGATGGCGTTGTGCTTtgt < 1:2702264/91‑1 (MQ=255) | ATATTGTTTTAAGTTATCTTTATTAACTGTAATTGTATTAGCAGTTACTGCGGTTGTCGTCGCTGCTGACGCAAATGTTGACATAGCTAAGCGACTGAAAGTTCGAAGTTTTACTGGTGCGGTGCTAGTTGACGTTGTGCTAGTTTTGTTTAAGTTGACCGAAGATGGCGTTGTGCTTTGT > USA300TCH1516_ALE/2817522‑2817702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |