| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,825,587 | C→T | 6.1% | intergenic (‑402/+446) | cap8A_2 ← / ← icaR | Capsular polysaccharide type 8 biosynthesis protein cap8A/Biofilm operon icaADBC HTH‑type negative transcriptional regulator IcaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,825,587 | 0 | C | T | 6.1% | 371.1 / 10.2 | 114 | intergenic (‑402/+446) | cap8A_2/icaR | Capsular polysaccharide type 8 biosynthesis protein cap8A/Biofilm operon icaADBC HTH‑type negative transcriptional regulator IcaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/42); new base T (2/5); total (67/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TTTACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCTTTTAAAAAGATGTGGGTAATTTATATAATTTTTATTTACATTTTTAACTTAT‑AAAAAAAGCGCCTATGTCATGATTTACCATCACATA > USA300TCH1516_ALE/2825498‑2825677 | tttACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACAcc < 1:3429525/91‑1 (MQ=255)tttACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACAcc < 1:1621816/91‑1 (MQ=255)tttACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACAcc < 1:3941375/91‑1 (MQ=255) ttACAACACCGAGTGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGGGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCt < 1:4149838/91‑1 (MQ=255) ttACAACACCGAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCCACACCt > 1:322583/1‑91 (MQ=255) tACAACACCTAGCGTGCCCGTACTCGGTAATTCAATACCTTGCGTAACCCGTCACTGTGAGTTGGGTTAATGATAATAAAGCCGACACCtt > 1:2085397/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |