| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,840,323 | T→A | 6.5% | L119F (TTA→TTT) | hisZ ← | ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,840,323 | 0 | T | A | 6.5% | 376.3 / 13.2 | 108 | L119F (TTA→TTT) | hisZ | ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/46); new base A (3/4); total (58/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GAGTAAGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGATTAAACCTG > USA300TCH1516_ALE/2840233‑2840411 | gAGTAAGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCttt < 1:1822320/91‑1 (MQ=255) gTAAGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTaa > 1:1140537/1‑91 (MQ=255) tAAGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAg < 1:94511/91‑1 (MQ=255) tAAGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTAAAg < 1:2862445/91‑1 (MQ=255) aaGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGc > 1:261970/1‑91 (MQ=255) aaGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGc > 1:262006/1‑91 (MQ=255) aGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGct < 1:1145244/91‑1 (MQ=255) aGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTAAAGct < 1:633191/91‑1 (MQ=255) aGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTAAAGct < 1:1456349/91‑1 (MQ=255) ggCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGctc > 1:2345197/1‑91 (MQ=255) ggCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTAAAGctc < 1:1704454/91‑1 (MQ=255) aTCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGt < 1:1994517/91‑1 (MQ=255) cAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTg < 1:1930995/91‑1 (MQ=255) aaGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGc > 1:32619/1‑91 (MQ=255) aGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGca < 1:3839586/91‑1 (MQ=255) aGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGca < 1:3839492/91‑1 (MQ=255) gCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGcac > 1:3125057/1‑91 (MQ=255) gCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGcac > 1:3019985/1‑91 (MQ=255) gCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGcac > 1:3119244/1‑91 (MQ=255) aaTTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACAt < 1:1846122/91‑1 (MQ=255) ttGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTc < 1:1353736/91‑1 (MQ=255) ttGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTc < 1:1354845/91‑1 (MQ=255) tGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCg > 1:2639305/1‑91 (MQ=255) tGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCg > 1:2639306/1‑91 (MQ=255) gATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGc > 1:1546765/1‑91 (MQ=255) gATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGc > 1:1546736/1‑91 (MQ=255) aTAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCt < 1:1142628/91‑1 (MQ=255) aTAACGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCt < 1:3461523/91‑1 (MQ=255) aTGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAat > 1:1404003/1‑91 (MQ=255) aTGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAat < 1:1879190/91‑1 (MQ=255) gTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTTAGCTCTGTTGCACATTCGCTAatga > 1:2147843/1‑91 (MQ=255) tCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAatgat > 1:279264/1‑91 (MQ=255) cccAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTATTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAatgatg > 1:3503277/1‑91 (MQ=255) cAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGt > 1:3812170/1‑91 (MQ=255) aaTACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTg < 1:3264104/91‑1 (MQ=255) aaTACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTg < 1:59728/91‑1 (MQ=255) aaTACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTg < 1:3264157/91‑1 (MQ=255) aTACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGTGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGc < 1:3508158/91‑1 (MQ=255) tACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCa < 1:433650/91‑1 (MQ=255) tACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCa < 1:432828/91‑1 (MQ=255) gtacaaAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATa > 1:1151401/3‑91 (MQ=255) aacaaAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAg > 1:664961/1‑91 (MQ=255) aacaaAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAg > 1:1026671/1‑91 (MQ=255) aacaaAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAg > 1:1777231/1‑91 (MQ=255) aacaaAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAg > 1:1026770/1‑91 (MQ=255) aacaaAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAg < 1:1268374/91‑1 (MQ=255) acaaAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGt < 1:1700336/91‑1 (MQ=255) acaaAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGt < 1:1700027/91‑1 (MQ=255) acaaAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGt < 1:3382322/91‑1 (MQ=255) acaaAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGt > 1:1492074/1‑91 (MQ=255) aaaaTGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGttt > 1:1316679/1‑91 (MQ=255) aaaTGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGtttt > 1:2563487/1‑91 (MQ=255) aTGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTcc < 1:1400553/91‑1 (MQ=255) tGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCa < 1:2306641/91‑1 (MQ=255) gCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCaa < 1:2536389/91‑1 (MQ=255) gCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCaa > 1:774619/1‑91 (MQ=255) cGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAAcc > 1:394342/1‑91 (MQ=255) tGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAAc < 1:1682450/91‑1 (MQ=255) tGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAAc < 1:1682669/91‑1 (MQ=255) ctctcAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTg < 1:1021497/91‑1 (MQ=255) cAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGcaca > 1:3263490/1‑91 (MQ=255) ctgTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCt < 1:2878376/91‑1 (MQ=255) ctgTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCt < 1:2629925/91‑1 (MQ=255) ctgTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCt < 1:1604518/91‑1 (MQ=255) tgTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCtt > 1:2675743/1‑91 (MQ=255) gTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTc > 1:3097995/1‑91 (MQ=255) tGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCat < 1:2930042/91‑1 (MQ=255) tGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCat < 1:1329942/91‑1 (MQ=255) tGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCat > 1:3653262/1‑91 (MQ=255) aaTAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCatta < 1:483761/91‑1 (MQ=255) 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aaTAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATg > 1:3248743/1‑91 (MQ=255) aTAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGa > 1:1108315/1‑91 (MQ=255) tAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGAt < 1:1661357/91‑1 (MQ=255) tAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGAt < 1:205157/91‑1 (MQ=255) tAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGAt > 1:1050442/1‑91 (MQ=255) aacagagCTTAAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGAt > 1:4105673/4‑91 (MQ=255) aaGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGATTa > 1:2394139/1‑91 (MQ=255) aaGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGATTa > 1:2394549/1‑91 (MQ=255) agCTTAAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGATTAAAc > 1:2394590/1‑91 (MQ=255) gCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGATTAAAcc < 1:103347/91‑1 (MQ=255) gCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGATTAAAcc > 1:2215102/1‑91 (MQ=255) cTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGATTAAACCt > 1:4078635/1‑91 (MQ=255) cTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGATTAAACCt > 1:3270849/1‑91 (MQ=255) cTTAAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGATTAAACCt > 1:2660230/1‑91 (MQ=255) | GAGTAAGGCATCAAGCAATTGATAATGTCCCAATACAACAAAATGCACGTTGTCTCTCAACTGCTGTTGAATAAACTGAATAAAGAGCTTTAAGCTCTGTTGCACATTCGCTAATGATGGTGCATAGTTTTCCAAACCAACTTGTACAGCCGCTTCATTATTCCGAATGATTAAACCTG > USA300TCH1516_ALE/2840233‑2840411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |