| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 216,795 | G→C | 8.8% | I4M (ATC→ATG) | rocD2_1 ← | Ornithine aminotransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 216,795 | 0 | G | C | 8.8% | 351.6 / 21.0 | 102 | I4M (ATC→ATG) | rocD2_1 | Ornithine aminotransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/38); new base C (4/5); total (59/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AGTATCCCAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTCAAATG > USA300TCH1516_ALE/216705‑216885 | aGTATCCCAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATg > 1:3992009/1‑91 (MQ=255) tATCCCAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGAt < 1:899259/91‑1 (MQ=255) tCCCAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTg < 1:2830900/91‑1 (MQ=255) tCCCAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATCATTg < 1:3751772/91‑1 (MQ=255) tCCCAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATCATTg < 1:3751793/91‑1 (MQ=255) tCCCAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATCATTg < 1:3752123/91‑1 (MQ=255) cccAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATCATTGa < 1:1132405/91‑1 (MQ=255) ccAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGATAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTCAATTCAATGATTGaa < 1:3535198/91‑1 (MQ=255) ccAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGaa > 1:2794187/1‑91 (MQ=255) ccAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGaa > 1:709956/1‑91 (MQ=255) ccAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGaa > 1:3413899/1‑91 (MQ=255) ccAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGaa > 1:4085244/1‑91 (MQ=255) ccAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATCATTGaa < 1:1036617/91‑1 (MQ=255) cAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAAt < 1:548322/91‑1 (MQ=255) aaaCTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAAtt < 1:3249601/91‑1 (MQ=255) aaaCTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGATATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAAtt < 1:3690279/91‑1 (MQ=255) aaCTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTc > 1:3717615/1‑91 (MQ=255) aCTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCa < 1:3155919/91‑1 (MQ=255) aCTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCa > 1:2729508/1‑91 (MQ=255) ttGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCg < 1:44651/91‑1 (MQ=255) ttGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCg > 1:3462948/1‑91 (MQ=255) ttGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCg > 1:1392927/1‑91 (MQ=255) gACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGt > 1:2838245/1‑91 (MQ=255) gACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGt > 1:153088/1‑91 (MQ=255) acacCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGtc > 1:3833884/1‑91 (MQ=255) acacCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGtc > 1:3832843/1‑91 (MQ=255) acacCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGtc < 1:968785/91‑1 (MQ=255) cacCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGtct < 1:2789417/91‑1 (MQ=255) cacCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGtct < 1:3318667/91‑1 (MQ=255) cacCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTAAAGTGGTGCATAATTAGTAGAGATATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGtct > 1:2582820/1‑91 (MQ=255) acctttacctttAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGtctc < 1:3891750/91‑1 (MQ=255) ctttacctttaGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTctccc < 1:629739/91‑1 (MQ=255) ttacctttaGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTctccctc > 1:3795058/1‑91 (MQ=255) tacctttaGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTctccctcc < 1:639690/91‑1 (MQ=255) tttaGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCttta < 1:2464605/91‑1 (MQ=255) tttaGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCttta < 1:289622/91‑1 (MQ=255) taGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCtttata > 1:1057267/1‑91 (MQ=255) aGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCtttatat > 1:3085949/1‑91 (MQ=255) aGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCtttatat > 1:994845/1‑91 (MQ=255) gAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCtttatatt < 1:1067501/91‑1 (MQ=255) aaTGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCtttatattta < 1:2207557/91‑1 (MQ=255) tGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCtttatatttata < 1:3206221/91‑1 (MQ=255) tGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCtttatatttata < 1:3205004/91‑1 (MQ=255) gACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATAc > 1:3057212/1‑91 (MQ=255) aCAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACa > 1:1832434/1‑91 (MQ=255) aGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACAttt > 1:1792458/1‑91 (MQ=255) aGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACAttt > 1:11788/1‑91 (MQ=255) gCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACAtttt > 1:2655782/1‑91 (MQ=255) gCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACAtttt > 1:2655456/1‑91 (MQ=255) gCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACAtttt < 1:2038134/91‑1 (MQ=255) cTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTa < 1:2511841/91‑1 (MQ=255) aGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGa > 1:2036920/1‑91 (MQ=255) aGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGa > 1:2036904/1‑91 (MQ=255) tggtgCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAat > 1:2703393/1‑91 (MQ=255) ggtgCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAatt < 1:3893325/91‑1 (MQ=255) gtgCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAatta > 1:3146444/1‑91 (MQ=255) tAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAattaatatt > 1:3380520/1‑91 (MQ=255) tAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAattaatatt > 1:619088/1‑91 (MQ=255) tAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAattaatatt > 1:618841/1‑91 (MQ=255) attattAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAattaatattaa < 1:975921/91‑1 (MQ=255) ttattaGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAattaatattaat < 1:1050152/91‑1 (MQ=255) ttattaGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAattaatattaat < 1:723693/91‑1 (MQ=255) tattaGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAAttaatattaata > 1:3578729/1‑91 (MQ=255) tattaGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAAttaatattaata > 1:221284/1‑91 (MQ=255) tattaGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAAttaatattaata > 1:596057/1‑91 (MQ=255) attaGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATtaatattaatat > 1:2688226/1‑91 (MQ=255) attaGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATtaatattaatat < 1:3731530/91‑1 (MQ=255) ttaGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAatata > 1:3770503/1‑91 (MQ=255) taGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAatatat > 1:991406/1‑91 (MQ=255) agagCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATAtt < 1:1628530/91‑1 (MQ=255) agagCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATAtt > 1:2350842/1‑91 (MQ=255) agagCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATAtt < 1:3290551/91‑1 (MQ=255) agagCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATAtt < 1:1628674/91‑1 (MQ=255) agCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTAc > 1:2438672/1‑91 (MQ=255) agCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTAc > 1:2332322/1‑91 (MQ=255) agCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTAc < 1:3652586/91‑1 (MQ=255) agCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTAc > 1:3249221/1‑91 (MQ=255) gCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACa > 1:2568655/1‑91 (MQ=255) gCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACa > 1:1533874/1‑91 (MQ=255) gCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACa < 1:446764/91‑1 (MQ=255) tataATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAgt > 1:2024525/1‑91 (MQ=255) taataaTCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAgttg > 1:3172168/1‑91 (MQ=255) taatCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTc > 1:2218585/1‑91 (MQ=255) taatCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTc > 1:716781/1‑91 (MQ=255) aatCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCa > 1:1169686/1‑91 (MQ=255) tCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAat < 1:1016185/91‑1 (MQ=255) tCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAat < 1:2019968/91‑1 (MQ=255) cAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAata > 1:2426980/1‑91 (MQ=255) cAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCATTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAata > 1:230696/1‑91 (MQ=255) aGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAatat > 1:2797353/1‑91 (MQ=255) aaTTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACCTTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAgt > 1:3672659/1‑91 (MQ=255) tCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTc > 1:3673808/1‑91 (MQ=255) cAATCATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTCa > 1:175957/1‑91 (MQ=255) cAATCATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTCa > 1:1405403/1‑91 (MQ=255) cAATCATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTCa > 1:175619/1‑91 (MQ=255) aaTGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTCaa > 1:3163742/1‑91 (MQ=255) aTGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTCaaa < 1:75510/91‑1 (MQ=255) tGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTCAAAt < 1:791070/91‑1 (MQ=255) tGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTCAAAt < 1:102360/91‑1 (MQ=255) gATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTCAAATg < 1:1276711/91‑1 (MQ=255) | AGTATCCCAAACTTTGACACCTTTACCTTTAGAAATGACAAGCTTAAGTGGTGCATAATTATTAGAGCTATAATAATCAGTTAATTCAATGATTGAATTCATCGGTCTCCCTCCTTTATATTTATACATTTTAAAGAATTAATATTAATATATTACAGTTGTTCAATATAAGTGTCAAATG > USA300TCH1516_ALE/216705‑216885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |